Python PSET6 DNA：代码仅计算一个STR序列的最长连续重复数

我写了一个代码来计算一长串DNA（取自文本文件）中特定DNA子串序列（取自csv文件）的最长连续重复次数……或者我是这么想的。虽然我的代码可以正确地计算子字符串字典中最后一个DNA子字符串的最长连续重复次数，但它无法计算它前面的其他DNA子字符串的最长连续重复次数。我尝试了多种方法来修复我的代码，但都没有效果。如何计算每个DNA子串（而不仅仅是一个）的最长连续重复次数？欢迎任何意见！这是我的密码：

import sys
import csv

if len(sys.argv) != 3:
    print("Wrong number of files. Enter correct command-line arguments")
    exit(1)

with open (sys.argv[1],'r') as f:
    database_reader = csv.reader(f)
    strlist = next(database_reader)[1:]
    print(strlist)

    dna = open(sys.argv[2], "r")
    sequence_dna = dna.read()
    print(sequence_dna)

    long_str = {}

    for item in strlist:
        long_str[item] = 0

    for key in long_str:
        i = 0
        run = 0
        long_run = 0
        while i < len(sequence_dna):
            if sequence_dna[i:i+len(key)] == key:
                run += 1
                if run > long_run:
                    long_run = run
                i += len(key)
            elif sequence_dna[i:i+len(key)] != key:
                if run > long_run:
                    long_run = run
                run = 0
                i += 1
    long_str[key] = long_run
    print(long_str)

    for row in database_reader:
        individual = row[0]
        values = [int(value) for value in row[1:]]
        if values == long_str:
            print(individual)
            break
        elif values != long_str:
            print("No match")
            break

导入系统 导入csv 如果len（sys.argv）！=三： 打印（“错误的文件数。输入正确的命令行参数”） 出口（1） 将open（sys.argv[1]，'r'）作为f： 数据库_reader=csv.reader（f） strlist=next（数据库读取器）[1:] 打印（strlist） dna=打开（系统argv[2]，“r”） 序列\ dna=dna.read（） 打印（dna序列） long_str={} 对于strlist中的项目： long_str[项目]=0 对于长_str中的键： i=0 运行=0 长期运行=0 而i长时间运行： 长跑 i+=len（键） elif序列_dna[i:i+len（键）]！=关键： 如果运行>长时间运行： 长跑 运行=0 i+=1 long_str[键]=长时间运行 印刷品（长螺纹） 对于数据库_读取器中的行： 单个=行[0] values=[int（value）表示第[1:]行中的值] 如果值==long\u str： 印刷品（个人） 打破 elif值！=龙湖街： 打印（“不匹配”） 打破

---

以下更改的代码应该可以工作。现在的情况是，如果要检查的第一个人（或后面的人）不等于序列文件输入，循环将退出，而不是全部检查，直到找到匹配项（或没有匹配项）。此处的

elif

错误

found = False
for row in database_reader:
    individual = row[0]
    values = [int(value) for value in row[1:]]
    if values == list(long_str.values()):
        found = True
        print(individual)
        break

if found == False:
    print('no match')

当我运行我的版本（此处未给出）时，它与本练习给出的答案一致

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/small.csv sequences/1.txt
Bob

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/small.csv sequences/2.txt
no match

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/small.csv sequences/3.txt
no match

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/small.csv sequences/4.txt
Alice

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/5.txt
Lavender

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/6.txt
Luna

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/7.txt
Ron

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/8.txt
Ginny

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/9.txt
Draco

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/10.txt
Albus

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/11.txt
Hermione

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/12.txt
Lily

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/13.txt
no match

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/14.txt
Severus

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/15.txt
Sirius

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/16.txt
no match

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/17.txt
Harry

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/18.txt
no match

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/19.txt
Fred

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/20.txt
no match

C:\Old_Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv
Usage: python dna2.py <databases/database> <sequences/seq>

C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/small.csv sequences/1.txt
上下快速移动
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/small.csv sequences/2.txt
没有对手
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/small.csv sequences/3.txt
没有对手
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/small.csv sequences/4.txt
爱丽丝
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py数据库/large.csv序列/5.txt
薰衣草
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/6.txt
卢娜
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/7.txt
罗恩
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py数据库/large.csv序列/8.txt
金妮
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/9.txt
德拉科
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py数据库/large.csv序列/10.txt
阿不思
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/11.txt
赫敏
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/12.txt
百合花
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/13.txt
没有对手
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py数据库/large.csv序列/14.txt
西弗勒斯
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/15.txt
天狼星
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/16.txt
没有对手
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/17.txt
骚扰
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/18.txt
没有对手
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py databases/large.csv sequences/19.txt
弗莱德
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py数据库/large.csv序列/20.txt
没有对手
C:\Old\u Data\python\Harvard\dna>python dna2.py数据库/large.csv
用法：python dna2.py

哦，我错过了你想知道的事情。可能将缩进

long\u str[key]=long\u run

分配给for循环中的所有键。现在，它刚刚被分配了最后一个键和计数。OMG哇，我不能相信我没有认为缩进可能是问题。非常感谢。你的建议奏效了！我可能错了，但最后一个for循环似乎有问题

if values==long\u str:

正在检查int列表与作为字典的

long\u str

之间是否相等。我认为if的陈述不可能是真的，因为这一点。也许可以这样写：

if values==long\u str.values（）

，但我不确定这是否行得通。应该改为

if values==list（long\u str.values（））

谢谢。我这样做了，但现在的问题是，当我将字典值与csv文件中的数据进行比较时，我一直没有得到匹配，而实际上我应该得到匹配。我打印了

long\u str

字典，我看到它打印了三次：每个键每次迭代后打印一次。我想这就是为什么我没有得到匹配的输出。现在，我需要帮助找出一种方法来获得最后一次迭代