Python 使用父类调用方法
我对面向对象编程非常陌生，我很难理解如何管理具有相关数据的类之间的关系 我试图表达一些关于一系列生物体的基因组信息，我最终会比较这些信息。所以我有一个Python 使用父类调用方法,python,class,oop,bioinformatics,Python,Class,Oop,Bioinformatics,我对面向对象编程非常陌生，我很难理解如何管理具有相关数据的类之间的关系 我试图表达一些关于一系列生物体的基因组信息，我最终会比较这些信息。所以我有一个物种类： class Species(object): def __init__(self, species_name, genes={}, contigs={}): self.species_name = species_name self.genes = genes self.contig
物种class Species(object):
def __init__(self, species_name, genes={}, contigs={}):
self.species_name = species_name
self.genes = genes
self.contigs = contigs
class Gene(object):
def __init__(self, locus_tag, annotation, dna_seq, aa_seq):
self.locus_tag = locus_tag
self.annotation = annotation
self.dna_seq = dna_seq
self.aa_seq = aa_seq
物种的基因方法将是基因
对象的字典，其中关键是基因
的位点标签
。我想我知道如何实现这一部分
但是我希望能够做的一件事是调用基因
对象上的函数，它需要知道它在物种
中（它将输出一个文件结构，其中包括物种名称
和位点标签
，但它们来自两个不同的类。我能想到的最简单的事情是将物种名称
直接添加到基因
类中，但由于每个基因
都位于物种
中，因此这似乎是多余的
我甚至不知道从哪里开始——我做了很多搜索，但我发现的其他问题要么不相关，要么我理解得不够，无法把握相关性。创建基因
对象，然后通过传递基因
词典创建物种
对象，然后更新基因通过将物种
实例设置为对象，如下所示：
for gene in genes:
gene.species = species
之后，每个基因
实例（基因
）可以通过执行self.Species
或，例如，self.Species.Species\u name
来引用其Species
对象以获取名称。我通常不会按照您所描述的那样做。它会创建一个循环引用，这应该尽可能避免。对象通常应该具有层次关系。您应该我会设法找到一种方法，把一个基因和一个物种的参考放在一起，这样你可能需要对它进行序列化
为了能够序列化一个基因，你可以编写一个函数，将一个物种和一个基因作为参数
# if using python 2 (I think you might be)
from __future__ import print_function
class Species(object):
def __init__(self, species_name, genes={}, contigs={}):
self.species_name = species_name
self.genes = genes
self.contigs = contigs
def serialise(self, fileobj):
for gene in self.genes.values():
self.serialise_gene(gene, fileobj)
def serialise_gene(self, gene, fileobj):
print(self.name, gene.locus_tag, sep=", ", file=fileobj)
# prints "name, locus_tag" to the file
s = Species("homo erectus")
with open("some_file.txt", "w") as f:
s.serialise(f)
我假设你写的所有系列
这里你指的是物种
？所以如果我理解正确的话，它有点无限嵌套？所以原则上我可以做基因.物种.基因[位点标签].species.genes…
等无穷大？@kevbonham：是的，我的意思是物种
-我已经更新了答案。你确实可以继续分配，但如果你避免这样做，对你的代码可能更好。但是，这会起作用，因为你仍然在处理对象，你可以分配给它们。每个物种
实例都有唯一的名称吗？作为旁注。切勿将可变对象用作默认参数。如果需要提供默认可变参数，请执行以下操作。def\uuuu init\uuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuoself，物种名称
@wwii是的，每个物种都是唯一的。可能有名称相同的基因，但它们的位点标签
将是唯一的。基因
实例（具有相同的位点标签
）是否包含在多个物种
实例中？@wwii I正要说不，但我意识到这可能不正确-一些位点标记
只是数字，它们被分配在物种
中，独立于其他物种
。因此在另一个位点标记
物种是一样的，虽然这并不意味着它们之间的关系。我想我可以通过重写locus\u标签
s，用一个两个字母的前缀来表示物种，这会使它们独一无二，但伸缩性较差。最终，这些东西将被写入数据库（仍然需要了解它是如何工作的）。如果我理解正确，你是说在我的基因
类中，如果我想找到物种名称，我应该进入数据库（在你的例子中是文件对象
），而不是进入另一个类来了解它们之间的关系？