如何用python代码执行awk命令

我有一组数据要处理。我试图运行python代码在linux中执行“awk”命令。无论我如何尝试不同的参数或函数，都没有成功

我试过两种不同的方法，但都不管用。我不知道为什么

(一)

(二)

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虽然我同意这实际上最好用Python来完成，而不是调用awk。如果您确实需要这样做，那么实际的错误在于您的awk

#!/usr/bin/env python
import subprocess as sp
args = ["awk", r'{OFS="\t"; print $2,$4,$5,$6}', "B3LYPD.txt"]
p = sp.Popen(args, stdin = sp.PIPE, stdout = sp.PIPE, stderr = sp.PIPE )
print(p.stdout.readline()) # will give you the first line of the awk output

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编辑：修复缺少的引号。

您可以使用三重引号定义命令，然后在子流程中使用shell=True

#!/usr/bin/env python
import subprocess as sp
cmd = """awk '{print $2"\t"$4"\t"$5"\t"$6}' B3LYPD.txt"""
p = sp.Popen(cmd, stdin=sp.PIPE, stdout = sp.PIPE, stderr = sp.PIPE,shell=True)
for l in p.stdout:
        print (l.decode())

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使用

shlex.split

而不是

str.split

。如果您已经在用Python编程，是否确实需要调用

awk

？Python可能可以从

awk

中完成您需要的所有事情，如果您需要字符串列表，而不是使用

c=“this，that，other”；args=cmd.split（'，'）

，您可以使用

args=[“this”、“that”、“other”]

跳过split命令。另外，Lev的评论是对的，如果您的代码代表了实际的

awk

模式，您应该能够逐行读取文本文件并使用

split（）

函数选择列。

#!/usr/bin/env python
import subprocess as sp
args = ["awk", r'{OFS="\t"; print $2,$4,$5,$6}', "B3LYPD.txt"]
p = sp.Popen(args, stdin = sp.PIPE, stdout = sp.PIPE, stderr = sp.PIPE )
print(p.stdout.readline()) # will give you the first line of the awk output

#!/usr/bin/env python
import subprocess as sp
cmd = """awk '{print $2"\t"$4"\t"$5"\t"$6}' B3LYPD.txt"""
p = sp.Popen(cmd, stdin=sp.PIPE, stdout = sp.PIPE, stderr = sp.PIPE,shell=True)
for l in p.stdout:
        print (l.decode())