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Python 将桌面移植到web应用程序(bioinformatic)_Python_Web Applications_Bioinformatics_Blast - Fatal编程技术网

Python 将桌面移植到web应用程序(bioinformatic)

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我想把我为Windows操作系统编写的一些生物信息程序移植到web应用程序。我正在使用一些生物信息软件包,比如BLAST、Bowtie或Primer3。这些外部工具通常采用用户提供的文件,处理它,并创建一个输出文件,我分析和显示。此外,这些工具还使用由用户创建和重用的特定数据库

到目前为止,我正在将工具创建的数据库(文件也由用户提供)和输出结果保存在安装软件的PC上。现在,我不知道如何在web服务器上处理这样的设置。我无法保存来自世界各地的用户创建的所有数据库,但与此同时,每次用户回来时(我猜一个用户每个工具创建5-10个数据库;我有3个工具:1MB-50GB),再次创建一个数据库(例如,人类基因组数据库是2.7GB,创建它需要一些时间)都是非常糟糕的

如何使用web应用程序解决此问题

编辑 为了让事情更清楚,我实际上只想知道是否有更复杂的方法来重用用户创建的数据。我正在考虑暂时存储这些文件,以便进行会话。没有可能要求收费,因为这些工具非常具体,而且我没有很多用户。此外,大多数用户都是亲密的同事。在与不同的操作系统抗争多年、调试和维护我的程序之后,我终于放弃了(我在私人时间做这件事),这只是为了浪费时间(此外,我对Linux、Android和IOS有一些要求)


谢谢

向他们收费。除非你使用像Flex这样的工具,否则你必须假设你不能访问他们的电脑。而且,用一个web应用程序占用那么多空间是不公平的。(在这一点上,它不是一个真正的网络应用程序,而是一个带有浏览器用户界面的桌面应用程序)。如果我对这些工具收费,我想没有人会使用它们,而且这些工作是免费的……好吧,那么你为什么不允许用户将他们的文件上传到你的服务器上,在服务器端进行所有处理(需要对你的程序进行最小的更改),并在完成后将其发送回去呢。不要每次都删除和创建数据库,而是使用单个数据库,并在每个用户的基础上为自定义数据覆盖创建表。我不确定这是不是真的,但我已经读到,人类基因组的一小部分实际上是独一无二的。你可以存储用户基因组和一些“标准”之间的差异,然后你就可以存储更少的信息。我假设你在学术界,而用户也在学术界,因此你为什么不想收费?如果您在行业中有用户,您可以与学术研究人员签订不同的许可协议。了解到目前为止你做了些什么会有帮助;您提到了BLAST等-您的工具只是为输出做了一个漂亮的显示,还是做了任何其他处理?它与原始程序的集成程度如何?它们是否必须将这些程序的输出作为输入提交给您的程序?您需要更具体地说明您试图构建的管道以及您试图解决的问题。您是否只是想减少网站使用的磁盘空间?你在模仿吗?为什么不按照Christopher Pfohl的建议向用户提供SQL转储呢?你听说过吗?