Python 在较长字符串中查找多个不同字符串的首次出现

我目前正在做一个研究项目，我将制作一个python程序，在这个程序中我可以输入DNA序列，从中获取所有可能的阅读框，然后找到任何打开的阅读框。 我不能使用Biopython，因为我们自己要做这件事

从我编写的代码中，我将获得以下样式的输出：

[“TGC”、“ATG”、“ATA”、“TGG”、“AGG”、“AGG”、“CCG”、“TAA”、“TAG”、“TGA”]

我现在要做的是将起始密码子定义为“ATG”，并获取其索引，同时将终止密码子定义为

[“TAA”，“TAG”，“TGA”]

，如果找到这三个密码子中的任何一个，则报告第一个找到的密码子的索引，并忽略其余的。如果没有找到终止密码子，则返回一些字符串

除此之外，我希望能够比较上述风格中最多6种不同输入的“长度”，并选择最长的一种

这是我第一次在这里发帖，如果问题的措辞不恰当，我会向你致意，谢谢你的帮助！

长字符串 我不完全确定这是否是您想要的，但要在较长的字符串中找到第一个出现的字符串，您可以这样做，例如

s = "This is a long string. This is the second sentence."
short_strings = ["his", "is", "sec", "dummy"]
first_occurrence = [s.find(short) for short in short_strings]

print(first_occurrence)

这将产生输出

[1, 2, 35, -1]

{'ATG': 1, 'TAA': 5}

请注意，对于不匹配的内容，您会得到

-1

字符串列表中的字符串 如果要为另一个列表中的每个元素查找列表中的第一个匹配项，可以执行以下操作

a_list = ["ACA", "ATG", "CGC", "ATA", "TAT", "TAA", "TAG", "TGA", "ATG"] 
b_list = ["ATG", "TAA", "AAA"]

x = {
    b : next(a_index for a_index, a in enumerate(a_list) if a == b) 
    for b in b_list 
    if b in a_list
}

print(x)

哪一个产生输出

[1, 2, 35, -1]

{'ATG': 1, 'TAA': 5}

可供替代的 如果您想要一个通过列表

a_list

的次数更少的解决方案，您可以更多地依赖列表生成器，如下面的示例所示

gen = ((a_index, a) for a_index, a in enumerate(a_list) if a in b_list) 

for elem in gen:
    b_list.remove(elem[1])
    print(elem)

---

这将在找到匹配项时报告匹配项，而不关心它首先在

b_列表中找到哪个元素。您可以将print语句修改为您想要的任何功能，但必须保留
remove
语句，否则生成器将找到多个匹配项。
这是否可以适应在中搜索列表？假设我有一个如下的列表[“ACA”、“ATG”、“CGC”、“ATA”、“TAT”、“TAA”、“TAG”、“TGA”]，我想找到“ATG”的索引以及“TAA”、“TAG”或“TGA”的首次出现。这种方法的缺点（是否适用于列表）它会在整个列表中搜索一次每个可能的停止点-即使下一个项目是您的停止条件之一，也应该可以，我只需要知道第一个停止点。之后的任何内容都不会被使用。好的，我不知道这是否是您想要的，但我编辑了答案，以包含一个关于如何处理列表的示例。@H恩里卡尔森帮了忙吗？