Python 如何获取多行文件中的第1行
我有一个多行输入文件,如下所示Python 如何获取多行文件中的第1行,python,python-3.x,Python,Python 3.x,我有一个多行输入文件,如下所示 >WP_046827164.1阳离子转运蛋白[Afipia massilensis] MRTEQGVLRLSIAVTLAGLGGILFGLLSGSFAIVFDGVYALIDAVMTILLVANLIASTREGSKSR 法律责任 Kanltirsnfialdakawmsmsaaltallvafifgymiqgthlkwmspyidpalaivclivipigtv rqaladallvtpdlmrqveaiaqvvlryqflsyrayvarvgrqielyfivpp
>WP_046827164.1阳离子转运蛋白[Afipia massilensis]
MRTEQGVLRLSIAVTLAGLGGILFGLLSGSFAIVFDGVYALIDAVMTILLVANLIASTREGSKSR
法律责任
Kanltirsnfialdakawmsmsaaltallvafifgymiqgthlkwmspyidpalaivclivipigtv
rqaladallvtpdlmrqveaiaqvvlryqflsyrayvarvgrqielyfivppglpprlewdkir
DEIGDAIGNDTPDRWLSIVFTTDQEWAE
>WP_014775528.1阳离子转运体[Alistipes finegoldii]
Msgeaeirkkiyrvtfigfavnllagiklaagilgrsgamvavadavhsfsdmatdvviafakisakpk
DeghdyghgkyetlatiiIlaavgtgilvnsigairvdvdggllrpgtvallaaavsivvkeilr
YDVREGRVSPSMIANAWHHRSDALSSLGTLAGICAYFGDKWRITADPIALVAVFIFKIAFDLIRT
GLDELLERSLPEDVEILRVVAANPEVEVRREPHNLTRRIGASIVEVHVRVDGAMSCRSHELTEDIER
LRARFGEGTMIAIHVEPLKAACRAE
。。。诸如此类
我们需要获取所有以“>”符号开头的标题行,并将它们放入数组中,以便可以执行进一步的操作。我们能够捕获文件内容,但无法提取标题
import sys
import re
def interact():
# type: () -> stringfile
filename = raw_input ( 'Please Give the file name: ' )
return filename
def load_file(filename):
# type: (object) -> eachlines
file_content = open ( filename )
all_content = file_content.read () # type: str
file_content.close ()
#return all_content
for _ in all_content: # type: str
if re.match(r">", _):
return "_"
# all_lines = load_file(interact())
print load_file(interact())
有人能在代码中给出一些提示吗?这里出了什么问题?使用:
来自Bio导入序列
标题=[]
以开放(“in.fa”、“r”)作为f:
对于SeqIO.parse(f,“fasta”)中的记录:
headers.append(record.description)
打印(标题)
#[WP_046827164.1阳离子转运蛋白[Afipia massiliensis],
#“WP_014775528.1阳离子转运体[Alistipes finegoldii]”
使用:
来自Bio导入序列
标题=[]
以开放(“in.fa”、“r”)作为f:
对于SeqIO.parse(f,“fasta”)中的记录:
headers.append(record.description)
打印(标题)
#[WP_046827164.1阳离子转运蛋白[Afipia massiliensis],
#“WP_014775528.1阳离子转运体[Alistipes finegoldii]”
听起来这可以很容易地通过RE完成?否则,您也可以查看拆分函数。这是一个FASTA文件,我建议您特别查看。如果你还有其他问题,请到Tag欢迎来到SO!请拿着这本书读一读。我注意到的第一件事是,您已经标记了这个问题,但是您使用的是Python2语法和内置代码。这就是问题所在吗?请做一份报告。仅仅说有什么问题是没有帮助的——你需要说问题出在哪里。听起来这可以很容易地通过重复来完成?否则,您也可以查看拆分函数。这是一个FASTA文件,我建议您特别查看。如果你还有其他问题,请到Tag欢迎来到SO!请拿着这本书读一读。我注意到的第一件事是,您已经标记了这个问题,但是您使用的是Python2语法和内置代码。这就是问题所在吗?请做一份报告。仅仅说有问题是没有帮助的-你需要说问题出在哪里。