Python 如何绘制图中所示的图形？

我正在研究图形数据库。我的兴趣是在生物数据库中找到两个类似的分子，叫做“致突变性”。这个图形数据库非常常见，包含4337个模拟化学分子的图形。这些图是无向的，并且具有属性（顶点和边）。为了减少要进行的图形比较的数量，选择了少量样本图形并将其分组为8个子集（Abu Aisheh等人，2015a）。 我想在获取这两个图形的图形ID时绘制它们。我该怎么做？图形文件如下所示

图形数据库中的图形

尝试使用以下方法：

import os
import sys
import fnss
import networkx as nx
import fnss
import cvxopt
import numpy as np
import codecs
import random
import matplotlib.pyplot as plt
file = 'path_to_file.xml'
topology = fnss.read_topology(file)
topology_directed = topology.to_directed(topology)
print(nx.info(topology_directed))
nx.draw(topology_directed)
plt.show()