Python 将不同长度的数字列从单独的文本文件合并到单个csv文件中

嗨，我对Python编程相当陌生，似乎无法克服这个问题

我有一个包含100个子文件夹的目录，每个子文件夹中有一个文本文件（没有文件扩展名），所有子文件夹的名称都完全相同。每个文件包含一列不同长度的数字

我想将每个文件的所有编号合并到一个csv文件中，每个文件的编号在单独的列中

所以我应该得到一个由100列组成的矩阵，每列对应一个文件，每列的数字长度不同

文件示例：

文件1

文件2

3
55
22

我有这个剧本：

# import modules
import glob
import csv
import sys
import itertools

inf = glob.glob("*/*-ambig")

for f in inf:
    with open(f) as fin:
        with open(sys.argv[1], 'w') as fout:

            writer = csv.writer(fout, delimiter=',',  quotechar='', quoting=csv.QUOTE_NONE)
            headers = ('coverage', )
            writer.writerow(headers)

            for line in fin:
                columns = line.split("\n") # split each column on new line
                writer.writerow(itertools.izip_longest(*columns, fillvalue=['']))

然而，我得到了这个错误：

Traceback (most recent call last):
  File "coverage_per_strain.py", line 21, in <module>
    writer.writerow(itertools.izip_longest(*columns, fillvalue=['']))
_csv.Error: sequence expected

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“coverage_per_strain.py”，第21行，在
writer.writerow（itertools.izip_longest（*列，fillvalue=['']））
_csv.错误：应为序列

有人知道我的代码有什么问题吗？你能看到其他错误吗

---

谢谢

csv.writerow

需要一个序列作为参数

itertools.izip_longest

正在返回迭代器。因此出现了错误消息

您应该能够通过以下方式解决此问题：

writer.writerow(list(itertools.izip_longest(*columns, fillvalue=[''])))

---

这是我在意识到您正在使用Python2.7之前编写的一个解决方案。这只适用于Python 3.3+，因为它使用了非常漂亮的

contextlib.ExitStack

上下文管理器，该管理器仅在该版本中添加（我也使用Python 3的

map

）：

下面是我将其移植回Python 2的尝试。我还没有测试过这个版本。我使用

try

/

finally

对来处理文件的关闭（和

imap

来处理剥离，而无需预先将所有文件读入内存）：

---

打开文件

fin

后，您应该使用

csv.reader（）

来阅读它。只需看看csv模块教程。您使用的是什么版本的Python？在Python3中，一次迭代多个文件比在Python2中安全地执行任何操作都要容易

writer.writerow(list(itertools.izip_longest(*columns, fillvalue=[''])))

import glob
import csv
import sys
import contextlib

from itertools import zip_longest

in_filenames = glob.glob("*/*-ambig")

with contextlib.ExitStack() as stack:
    in_files = [stack.enter_context(open(filename)) for filename in in_filenames]
    out_file = stack.enter_context(open(sys.argv[1], "w", newlines=""))

    writer = csv.writer(out_file, delimiter=',', quoting=csv.QUOTE_NONE)

    writer.writerow(('coverage',)) # do you want the header repeated for each column?

    writer.writerows(zip_longest(*(map(str.strip, f) for f in in_files), fillvalue=""))

import glob
import csv
import sys

from itertools import izip_longest, imap

in_filenames = glob.glob("*/*-ambig")

with open(sys.argv[1], "wb") as out_file:
    in_files = []
    try:
        for filename in in_filenames:
            in_files.append(open(filename))

        writer = csv.writer(out_file, delimiter=',', quoting=csv.QUOTE_NONE)

        writer.writerow(('coverage',))

        writer.writerows(izip_longest(*[imap(str.strip, f) for f in in_files],
                                      fillvalue=""))

    finally:
        for f in in_files:
            try:
                f.close()
            except:   # ignore exceptions here, or the later files might not get closed!
                pass