如何创建一个Docker映像来运行Python和R？

我想将主要用Python开发的代码管道封装起来，但它依赖于在R中训练过的模型。这两个代码库都需要一些额外的需求和包。我如何创建一个Docker映像，使我能够构建一个容器来同时运行Python和R代码

对于上下文，我有一个运行模型（随机林）的R代码，但它需要是用Python构建的数据管道的一部分。Python管道首先执行一些功能并为模型生成输入，然后使用该输入执行R代码，然后将输出带到Python管道的下一阶段

因此，我通过编写一个简单的test Python函数来调用R代码（“test_call_R.py”，它导入子流程包），为这个流程创建了一个模板，并需要将其放入一个Docker容器中，其中包含Python和R的必要需求和包

我已经能够为Python管道本身构建Docker容器，但无法成功地按照Python要求安装Docker及其相关包。我想重写Dockerfile以创建一个图像来执行此操作

从Dockerhub文档中，我可以使用，例如

FROM python:3
WORKDIR /app
COPY requirements.txt /app/
RUN pip install --no-cache-dir -r requirements.txt
COPY . /app
CMD [ "python", "./test_call_r.py" ]

与Dockerhub类似，我可以使用一个基本的Docker图像（或摇杆）来创建一个Docker容器，该容器可以运行randomForest模型，例如

FROM r-base
WORKDIR /app    
COPY myscripts /app/
RUN Rscript -e "install.packages('randomForest')"
CMD ["Rscript", "myscript.R"] 

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但我需要的是创建一个映像，该映像可以安装Python和R的需求和包，并执行代码库以从Python中的子进程运行R。我该怎么做

我为Python和R构建的Dockerfile以这种方式与它们的依赖项一起运行：

FROM ubuntu:latest

ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive

RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends build-essential r-base r-cran-randomforest python3.6 python3-pip python3-setuptools python3-dev

WORKDIR /app

COPY requirements.txt /app/requirements.txt

RUN pip3 install -r requirements.txt

RUN Rscript -e "install.packages('data.table')"

COPY . /app

用于构建映像、运行容器（此处将其命名为SnakeR）和执行代码的命令有：

docker build -t my_image .
docker run -it --name SnakeR my_image
docker exec SnakeR /bin/sh -c "python3 test_call_r.py"

我将其视为Ubuntu操作系统，并构建了如下图像：

• 在R安装过程中抑制选择位置的提示
• 更新apt-get
• 设置以下各项的安装标准：
• • y=用户提示继续的是（例如内存分配）
• • 仅安装推荐的而非建议的依赖项
• 包括一些基本的Ubuntu安装包
• r-base用于r软件
• r-cran-randomforest强制该包可用（与单独安装data.table不同，后者由于某些原因无法用于randomforest）
• python的python3.6版本
• python3 pip允许pip用于安装要求
• python3 setuptools以某种方式帮助执行pip安装（？）
• python3开发人员将执行JayDeBeApi安装作为需求的一部分（否则会混淆的是Python2而不是python3）
• 指定活动“工作目录”作为/app位置
• 复制保存python依赖项的需求文件（从python代码库的虚拟环境构建，例如，使用pip冻结）
• 从需求文件安装Python包（pip3用于Python3）
• 安装R软件包（例如，此处仅为data.table）
• 将目录内容复制到指定的工作目录/app

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这是从我在

的博客文章中复制出来的，我为我的个人项目制作了一个图像，如果你愿意，你可以使用它：

在Python和R版本上都是特定的，这将避免你将来的麻烦。例如，这种方法将始终安装Rv4.0和PythonV3.8

FROM r-base:4.0.3
ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends build-essential libpq-dev python3.8 python3-pip python3-setuptools python3-dev
RUN pip3 install --upgrade pip

ENV PYTHONPATH "${PYTHONPATH}:/app"
WORKDIR /app

ADD requirements.txt .
ADD requirements.r .

# installing python libraries
RUN pip3 install -r requirements.txt

# installing r libraries
RUN Rscript requirements.r

您的requirements.r文件应该如下所示

install.packages('data.table')
install.packages('jsonlite')
...

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干得好，杰多格！如何在您的示例中指定所需的R版本？谢谢Karlo，问得好！我不确定，因为r-base似乎是任何最新版本。这个问题可能有助于：