Python 艾伦大脑研究所-大脑观察站示例

我正试着以你为榜样

但是，我在加载

nwb

文件时遇到了困难，如下所示

from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache
boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json')

data_set = boc.get_ophys_experiment_data(501940850)  # problem here

因此，我打开了

nwb

文件

除了

502376461.nwb

之外，所有的大脑观察站

nwb

文件都没有打开

它引发了以下错误：

IOError: Unable to open file (Truncated file: eof = 82280448, sblock->base_addr = 0, stored_eoa = 204046519) 

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当我试图打开allen提供的ipython笔记本示例中的

502376461.nwb

时，它成功了！！但是其他的（

501940850

，

503820068

）像上面那样失败。

总结github的线程：

文件被部分下载或以某种方式损坏。下载期间未报告任何异常，因此urllib一定没有注意到问题

AllenSDK开发人员正在研究某种文件一致性检查和/或不同的HTTP库

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如果其他人遇到这种情况，您可以删除坏文件并重新运行下载功能（

BrainObservatoryCache.get\u ophys\u experiment\u data

）。文件下载到BrainObservatoryCache的子目录中，如果未指定，则默认为当前工作目录。

以何种方式失败？错误消息，plzIOError:无法打开文件（截断文件：eof=82280448，sblock->base_addr=0，storage_eoa=204046519）似乎是文件损坏问题，下载问题是由于nwb文件太大，并且没有检查过程来确认下载文件的完成。