Python-使用seek写入文件

我是Python的初学者，正在尝试各种方法来完成简单的任务，即反向补充DNA或RNA序列以学习一些字符串函数等。我的最新方法几乎可以工作，但对于一个我找不到答案的小问题，可能是因为我正在使用的某些东西我没有正确理解。 我的函数被设计成写一个空白文件（这很有效！），然后打开一个包含序列的文件，一次循环一个字符，将其反向补码写入新文件。代码如下：

def func_rev_seq(in_path,out_path):
"""
Read file one character at a time and retrun the reverse complement of each nucleotide to a new file
"""
#  Write a blank file (out_path)
fb = open(out_path,"w")
fb.write("")
fb.close()
#  Dictionary where the key is the nucleotide and the value is its reverse complement
base = {"A":"T", "C":"G", "G":"C", "T":"A", "a":"t", "c":"g", "g":"c", "t":"a", "k":"m", "m":"k", "y":"r", "r":"y", "b":"v", "v":"b", "d":"h", "h":"d", "K":"M", "M":"K", "Y":"R", "R":"Y", "B":"V", "V":"B", "D":"H", "H":"D", "U":"A", "u":"a"} 
#  Open the source file (in_path) as fi
fi=open(in_path,"r")
i = fi.read(1)
#  Loop through the source file one character at a time and write the reverse complement to the output file
while i != "":
    i = fi.read(1)
    if i in base:
        b = base[i]   
    else:
        b = i
    with open(out_path, 'r+') as fo:
        body = fo.read()
        fo.seek(0, 0)
        fo.write(b + body)        
fi.close()
fo.close()

问题是，当我运行函数时，输出文件中的字符串首先被一个字符截断，然后在我不想要的空行下面。 据我所知，带有（0，0）的seek函数应该引用文件的开头，但我可能误解了。

---

非常感谢您的帮助，谢谢

当您放置

i=fi.read（1）

时，

i

等于文件中的第一个字符，但是在

while

循环的开头，您使用相同的语句将第二个字符分配给

i

，而不使用第一个字符执行任何操作。如果希望循环文件中的每个字符而不出现该问题，最好使用

for

循环。一个字符一个字符地反向迭代有点困难，但这是可行的：

def nucleo_complement(ifilename, ofilename):
    """Reads a file one character at a time and returns the reverse
    complement of each nucleotide."""
    complements = {'A': 'T', 'T': 'A', 'C': 'G', 'G': 'C'}
    ifile = open(ifilename)
    ofile = open(ofilename, 'w')
    for pos in range(ifile.seek(0, 2) + 1, 0, -1):
        ifile.seek(pos - 1)
        char = ifile.read(1)
        ofile.write(complements.get(char.upper(), char))
    ifile.close()
    ofile.close()

---

seek

返回新的文件位置，

seek（0，2）

转到文件中的最后一个字符。每当调用

read（1）

时，文件中的位置将前进一个字符，因此我必须让

pos

最初等于最后一个字符加上一个字符的位置，并在第二个字符而不是第一个字符处结束循环。对于每个迭代，我返回一个带有

ifile.seek（pos-1'）

的字符，然后读取下一个（原始）字符。作为一个初学者，这个例子可能有点多，所以如果你有任何问题，请随时提问。实际上，您需要考虑的是

for

循环中的前两条语句，以及我同时打开了两个文件的事实。

这是工作代码，多亏了Issac。它解决了我遇到的两个问题

def func_rev_seq(in_path,out_path):
    """Read file one character at a time and retrun the reverse complement of each nucleotide to a new file"""

    #  Write a blank file (out_path)
    fb = open(out_path,"w")
    fb.write("")
    fb.close()
    #  Dictionary where the key is the nucleotide and the value is its reverse complement
    base = {"A":"T", "C":"G", "G":"C", "T":"A", "a":"t", "c":"g", "g":"c", "t":"a", "k":"m", "m":"k", "y":"r", "r":"y", "b":"v", "v":"b", "d":"h", "h":"d", "K":"M", "M":"K", "Y":"R", "R":"Y", "B":"V", "V":"B", "D":"H", "H":"D", "U":"A", "u":"a"} 
    fi= open(in_path)
    fo = open(out_path, 'w')

    for pos in range(fi.seek(0, 2) - 1,  0, -1):
        fi.seek(pos - 1)
        b = fi.read(1)
        if b in base:
            fo.write(base.get(b, b))
        else:
            fo.write(b)
    fi.close()
    fo.close()

---

顺便说一下，我的代码是正确缩进的，但在这里没有正确呈现，也许我也做错了！空白线下面的字符是什么？它是原始序列中最后一个核苷酸的反向互补。例如，如果原始序列是“AACCTCAGC”，那么它将是一个“G”。谢谢你，这是一个非常有用的解释。我将试一试，让你知道我的进展如何。谢谢。谢谢伊萨克，我仔细考虑了你的建议，只做了一点小小的修改。尽管如此，它确实解决了截断问题，但在输出文件的顶部还有一行。我试着将“范围内的位置（ifile.seek（0，2）+1，0，-1）：”改为“范围内的位置（ifile.seek（0，2），0，-1:”，但这似乎没有任何作用，所以我进一步将其改为“范围内的位置（ifile.seek（0，2）-1，0，-1:”。维奥拉！成功了，很高兴能帮上忙。这是有道理的；最后一个字符必须是换行符。没有考虑。