Python 奇点行为：shell vs exec

所以我试图调试我在HPC安装程序中遇到的一个错误。我不会详细讨论这个错误，因为它是特定于包的，我很确定这是一个环境变量类型的问题。也就是说，这个软件包是neuron，如果有人对它和singularity有经验，我将非常感谢您的输入

当我使用以下工具在本地测试所有内容时：

singularity exec --bind ./:/mnt container.sif my_script.py 

没有问题。但是，同一命令在HPC群集上出错。我开始尝试在本地重新创建错误，以查看问题所在

由于我仍然不知道的原因，我在集群上得到的错误可以通过向

exec

命令添加

--containall

标志在本地复制。事实上，即使是

--contain

标志也可以重现错误。我可以从

--contain

的文档中看到：

使用最小的/dev和空的其他目录（例如/tmp和$HOME），而不是从主机共享文件系统

这让我猜测这是一个路径/环境问题，但我不是100%确定，因为我对所有不是python的东西都还不熟悉

为了尝试解决这个问题，我尝试使用

singularity shell

重新创建错误。这就是我希望有人能为我澄清的地方。如果我这样做：

singularity shell --containall --bind ./:/mnt container.sif
cd /mnt
python3 my_script.py

脚本运行良好，没有错误。然而，当我跑步时：

singularity exec --containall --bind ./:/mnt container.sif python3 /mnt/my_script.py

我得到的错误与我在集群上得到的错误相同

这两种方法有什么不同？为什么对容器进行炮击会起作用，而像这样执行它却不起作用？我只是想寻求帮助，找出如何调试它的方法

此外，为什么脚本可以在本地运行，但不能在HPC上运行？我对容器的理解是，它们应该允许脚本在不同的系统上运行，因为所有内容都包含在容器中。在这些不同的场景中，我允许什么阻止我运行代码

我的直觉（不是很有经验）告诉我，当我使用shell时（或者当我在本地运行脚本时），我正在执行一些环境变量，而当我以其他方式运行它时，我正在丢失这些变量，但是我不确定从何处开始寻找这样的东西，或者如何将其保存在容器中

编辑：

我还在HPC中尝试炮击容器，但我得到了相同的错误。因此，在我的本地计算机上，当我在shell中或在没有

--contain

标志的情况下执行脚本时，会用到一些东西

版本：

• 奇点3.5
• Python 3.6.9
• 神经元8.0

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听起来像是环境问题：在开发环境中设置了一些集群环境中不存在的东西。默认情况下，所有环境变量都会自动转发到singularity环境。我建议使用

-e

/

--cleannev

来捕捉这一点。使用该选项时，仅在singularity环境中设置前缀为

SINGULARITYENV\uz

的变量。e、 例如，要使

NEURON\u HOME=/mnt/NEURON

在运行singularity命令之前，您将使用

export singularity env\u NEURON\u HOME=/mnt/NEURON

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一旦您确定了要更新的变量是什么，您就可以在

%environment

或

%post

中正常添加它，不管您喜欢什么。如果该值随环境而变化，则可以在

SINGULARITYENV\u VARNAME

如何安装NEURON中导出该值？编译自己或pip安装？在配方文件的%post部分编译自己（使用自动工具）您能分享您的奇点定义文件吗？这可能是环境变量的问题。