Python Matplotlib-根据log10值计算的箱线图，但以对数比例显示

我认为这是一个简单的问题，但我还是想不出一个简单的解决办法。我有一组分子丰度的数据，数值范围是许多数量级。我想用

箱线图

（

箱线图和胡须图

）来表示这些丰度，并且我想在对数刻度上计算箱线，因为数值范围很广。 我知道我可以计算数据的log10并将其发送到matplotlib的

箱线图

，但这不会在以后的图中保留对数刻度

所以我的问题基本上是这样的： 当我根据我的值的log10计算出一个箱线图时，我如何将之后的图转换为对数比例，而不是与log10值呈线性关系？ 我可以改变勾号标签来部分修复这个问题，但我不知道如何将对数刻度恢复到绘图中

或者有没有其他更直接的方法来描绘这一点。可能已经包含此选项的其他包

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非常感谢你的帮助

我建议不要对原始值进行箱线图，并将y轴设置为对数，因为箱线图函数的设计不是为了跨数量级工作，并且可能会得到太多的异常值（当然，这取决于您的数据）

相反，我的建议是绘制数据的对数并手动调整y标签

下面是一个非常粗糙的例子：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.ticker import MultipleLocator, FormatStrFormatter

np.random.seed(42)

values = 10 ** np.random.uniform(-3, 3, size=100)

fig = plt.figure(figsize=(9, 3))


ax = plt.subplot(1, 3, 1)

ax.boxplot(np.log10(values))
ax.set_yticks(np.arange(-3, 4))
ax.set_yticklabels(10.0**np.arange(-3, 4))
ax.set_title('log')

ax = plt.subplot(1, 3, 2)

ax.boxplot(values)
ax.set_yscale('log')
ax.set_title('raw')

ax = plt.subplot(1, 3, 3)

ax.boxplot(values, whis=[5, 95])
ax.set_yscale('log')
ax.set_title('5%')

plt.show()

右图显示了原始值的方框图。这会导致许多异常值，因为最大晶须长度计算为四分位范围（框高度）的倍数（默认值：1.5），它不会在数量级之间缩放

或者，可以指定为给定的百分位范围绘制胡须：

ax.boxplot（值，whis=[5,95]）

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在这种情况下，您将获得固定数量的大纲视图（5%）。

您可以使用plt.yscale：

plt.boxplot(data); plt.yscale('log')

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为什么不将log10计算值转换回正常值（

10**y

），并将y刻度设置为对数？也许我应该澄清一下，我创建的图是这样的：

bp=ax.boxplot（np.log10（abunds））

。此命令计算框值并创建绘图。我需要改变绘图中的东西，而不是值，对吗？你这样做，你在绘制不同的东西。我仍然不明白为什么你不能做

bp=ax.boxplot（abunds）；ax.set_yscale（'log'）

。这将为您提供一个对数刻度，因此y记号正确地对应于您的值。因为日志值为负值（值为10^（-4）或更低），所以我得到了一个ax错误。set_yscale（'log'）Tobias您的日志值为负值，但您的原始

abunds

值不应为负值。你确定你完全按照@Evert的建议做了吗？谢谢你的好例子。有没有一种方法可以添加日志图的小刻度，因为它们在原始图中？我不知道，对不起。也许可以使用

matplotlib.ticker

：我可以按照主刻度的类似逻辑设置小刻度。例如，要在位置

1,2，…，9,20,30，…，90

处设置次刻度，请计算它们的log10并设置为次刻度：

minor\u xticks=np.log10（np.concatenate（（np.arange（1,10），np.arange（1,10）*10））.astype（np float））

ax set\u xticks（minor\u xticks，minor=True）