Python SQLalchemy在多对一关系上加入

当我试图使用SQLAlchemy加入一对多的关系时，我完全被卡住了。 我的模型如下所示：

class Protein(Base):
    __tablename__ = 'protein'

    protein_id = Column(Integer, primary_key=True)
    gene_name = Column(String(45))

    spectrum_hit_spectrum_hits = relationship(u'SpectrumHit', secondary='spectrum_protein_map')


class SpectrumHit(Base):
    __tablename__ = 'spectrum_hit'

    spectrum_hit_id = Column(Integer, primary_key=True)    
    sequence = Column(String(60, u'latin1_german1_ci'), index=True)

SELECT spectrum_hit.sequence, protein.gene_name
From spectrum_hit
join spectrum_protein_map on spectrum_hit.spectrum_hit_id = spectrum_protein_map.spectrum_hit_spectrum_hit_id
join protein on protein.protein_id = spectrum_protein_map.protein_protein_id

以及映射表：

t_spectrum_protein_map = Table(
    'spectrum_protein_map', metadata,
    Column('spectrum_hit_spectrum_hit_id', ForeignKey(u'spectrum_hit.spectrum_hit_id'), nullable=False, index=True),
    Column('protein_protein_id', ForeignKey(u'protein.protein_id'), nullable=False, index=True)
)

我的问题是：

query = DBSession.query(Protein.gene_name, SpectrumHit.sequence)
        query = query.join(SpectrumHit)
        result = query.all()

我也试过另一种方法

query = DBSession.query(SpectrumHit.sequence, Protein.gene_name)
        query = query.join(Protein)
        result = query.all()

如果有帮助，我还可以添加MySQL表

我总是会出错：

InvalidRequestError: Could not find a FROM clause to join from.  Tried joining to <class 'ligando.models.Protein'>, but got: Can't find any foreign key relationships between 'spectrum_hit' and 'protein'.

---

它确实可以工作

我不知道您的

元数据

对象来自何处，但是如果您将映射表代码更改为使用

Base.metadata

，则您的代码可以工作：

from sqlalchemy.engine import create_engine
from sqlalchemy.ext.declarative import declarative_base
from sqlalchemy.orm import relationship
from sqlalchemy.orm.session import sessionmaker
from sqlalchemy.sql.schema import Column, Table, ForeignKey
from sqlalchemy.sql.sqltypes import Integer, String

Base = declarative_base()

class Protein(Base):
    __tablename__ = 'protein'

    id = Column(Integer, primary_key=True)
    gene_name = Column(String(45))

    spectrum_hit_spectrum_hits = relationship('SpectrumHit', secondary='spectrum_protein_map')


class SpectrumHit(Base):
    __tablename__ = 'spectrum_hit'

    id = Column(Integer, primary_key=True)
    sequence = Column(String(60, u'latin1_german1_ci'), index=True)



spectrum_protein_map = Table(
    'spectrum_protein_map', Base.metadata,
    Column('spectrum_hit_id', ForeignKey('spectrum_hit.id')),
    Column('protein_id', ForeignKey('protein.id'))
)

eng = create_engine("mysql://<your connection string>", echo=False, pool_recycle=1800)
Base.metadata.create_all(eng)
session_maker = sessionmaker(bind=eng, autocommit=False,autoflush=False)
session = session_maker()

res = session.query(Protein.gene_name, SpectrumHit.sequence).join(SpectrumHit).query.all()

来自sqlalchemy.engine导入创建引擎
从sqlalchemy.ext.declarative导入声明性基础
从sqlalchemy.orm导入关系
从sqlalchemy.orm.session导入sessionmaker
从sqlalchemy.sql.schema导入列、表、ForeignKey
从sqlalchemy.sql.sqltypes导入整数、字符串
Base=声明性_Base（）
类别蛋白质（碱基）：
__tablename_uu=‘蛋白质’
id=列（整数，主键=True）
gene_name=列（字符串（45））
光谱命中率光谱命中率=关系（'SpectrumHit'，secondary='spectrum\u protein\u map'）
等级SpectrumHit（基本）：
__tablename_uuuu='spectrum_hit'
id=列（整数，主键=True）
序列=列（字符串（60，u'latin1\u german1\u ci'），索引=True）
光谱蛋白质图谱=表(
“光谱蛋白质图谱”，Base.metadata，
列（'spectrum\u hit\u id'，外键（'spectrum\u hit.id'），
列（'protein_id'，ForeignKey（'protein.id'））
)
eng=create\u引擎（“mysql://”，echo=False，pool\u recycle=1800）
Base.metadata.create_all（英文）
session\u maker=sessionmaker（bind=eng，autocommit=False，autoflush=False）
session=session\u maker（）
res=session.query（Protein.gene_name，SpectrumHit.sequence）.join（SpectrumHit.query.all）（）

我不知道您的

元数据

对象来自何处，但如果您将映射表代码更改为使用

Base.metadata

，您的代码将正常工作：

from sqlalchemy.engine import create_engine
from sqlalchemy.ext.declarative import declarative_base
from sqlalchemy.orm import relationship
from sqlalchemy.orm.session import sessionmaker
from sqlalchemy.sql.schema import Column, Table, ForeignKey
from sqlalchemy.sql.sqltypes import Integer, String

Base = declarative_base()

class Protein(Base):
    __tablename__ = 'protein'

    id = Column(Integer, primary_key=True)
    gene_name = Column(String(45))

    spectrum_hit_spectrum_hits = relationship('SpectrumHit', secondary='spectrum_protein_map')


class SpectrumHit(Base):
    __tablename__ = 'spectrum_hit'

    id = Column(Integer, primary_key=True)
    sequence = Column(String(60, u'latin1_german1_ci'), index=True)



spectrum_protein_map = Table(
    'spectrum_protein_map', Base.metadata,
    Column('spectrum_hit_id', ForeignKey('spectrum_hit.id')),
    Column('protein_id', ForeignKey('protein.id'))
)

eng = create_engine("mysql://<your connection string>", echo=False, pool_recycle=1800)
Base.metadata.create_all(eng)
session_maker = sessionmaker(bind=eng, autocommit=False,autoflush=False)
session = session_maker()

res = session.query(Protein.gene_name, SpectrumHit.sequence).join(SpectrumHit).query.all()

来自sqlalchemy.engine导入创建引擎
从sqlalchemy.ext.declarative导入声明性基础
从sqlalchemy.orm导入关系
从sqlalchemy.orm.session导入sessionmaker
从sqlalchemy.sql.schema导入列、表、ForeignKey
从sqlalchemy.sql.sqltypes导入整数、字符串
Base=声明性_Base（）
类别蛋白质（碱基）：
__tablename_uu=‘蛋白质’
id=列（整数，主键=True）
gene_name=列（字符串（45））
光谱命中率光谱命中率=关系（'SpectrumHit'，secondary='spectrum\u protein\u map'）
等级SpectrumHit（基本）：
__tablename_uuuu='spectrum_hit'
id=列（整数，主键=True）
序列=列（字符串（60，u'latin1\u german1\u ci'），索引=True）
光谱蛋白质图谱=表(
“光谱蛋白质图谱”，Base.metadata，
列（'spectrum\u hit\u id'，外键（'spectrum\u hit.id'），
列（'protein_id'，ForeignKey（'protein.id'））
)
eng=create\u引擎（“mysql://”，echo=False，pool\u recycle=1800）
Base.metadata.create_all（英文）
session\u maker=sessionmaker（bind=eng，autocommit=False，autoflush=False）
session=session\u maker（）
res=session.query（Protein.gene_name，SpectrumHit.sequence）.join（SpectrumHit.query.all）（）

My metadata object在文件metadata=Base中全局声明。metadata我已经编辑了我的响应，以包含适用于我的整个脚本-你能发现任何主要差异吗？我通过将映射表显式添加到join query=query.join（t_spectrum\u protein\u map）中找到了解决方案，谢谢！）我的元数据对象在metadata=Base文件中全局声明。元数据我已经编辑了我的响应，以包含适用于我的整个脚本-你能发现任何主要差异吗？我通过将映射表显式添加到join query=query.join（t_spectrum\u protein\u map）中找到了解决方案。无论如何，谢谢！）