在Python中调用bash命令返回错误，但在终端中有效

以下是与此相关的我的代码：

def grd_commands(directory):
    for filename in os.listdir(directory)[1:]:
        print filename
        new_filename = ''
        first_letter = ''
        second_letter = ''
        bash_command = 'gmt grdinfo ' + filename + ' -I-'
        print bash_command
        coordinates = Popen(bash_command, stdout=PIPE, shell=True)
        coordinates = coordinates.communicate()
        latlong = re.findall(r'^\D*?([-+]?\d+)\D*?[-+]?\d+\D*?([-+]?\d+)', coordinates)
        if '-' in latlong[1]:
            first_letter = 'S'
        else:
            first_letter = 'N'
        if '-' in latlong[0]:
            second_letter = 'W'
        else:
            second_letter = 'E'

        new_filename = first_letter + str(latlong[1]) + second_letter + str(latlong[0]) + '.grd'
        Popen('gmt grdconvert ' + str(filename) + ' ' + new_filename, shell=True)

filename

是传递给函数的文件名。当我运行代码时，我收到以下错误：

/bin/sh: gmt: command not found
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/student/Desktop/Code/grd_commands.py", line 38, in <module>
    main()
  File "/Users/student/Desktop/Code/grd_commands.py", line 10, in main
    grd_commands(directory)
  File "/Users/student/Desktop/Code/grd_commands.py", line 23, in grd_commands
    latlong = re.findall(r'^\D*?([-+]?\d+)\D*?[-+]?\d+\D*?([-+]?\d+)', coordinates).split('\n')
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/re.py", line 177, in findall
    return _compile(pattern, flags).findall(string)
TypeError: expected string or buffer

/bin/sh:gmt:未找到命令
回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“/Users/student/Desktop/Code/grd_commands.py”，第38行，在
main（）
文件“/Users/student/Desktop/Code/grd_commands.py”，主文件第10行
grd_命令（目录）
grd_命令中的文件“/Users/student/Desktop/Code/grd_commands.py”，第23行
latlong=re.findall（r'^\D*？（[-+]？\D+）\D*？[-+]？\D+\D*？（[-+]？\D+），坐标）。拆分（'\n'）
findall中的文件“/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/re.py”，第177行
返回编译（模式、标志）.findall（字符串）
TypeError:应为字符串或缓冲区

---

如果我打印出字符串

bash_命令

，并尝试将其输入终端，它将完全发挥作用。为什么它在被Python脚本调用时不起作用？

整个命令行都被视为一个命令名。您需要使用

shell=True

让shell将其作为命令行进行解析：

coordinates = Popen(bash_command, stdout=PIPE, shell=True)

或者最好将命令名及其参数存储为列表中的单独元素：

bash_command = ['gmt', 'grdinfo', filename, '-I-']
coordinates = Popen(bash_command, stdout=PIPE)

---

整个命令行被视为单个命令名。您需要使用

shell=True

让shell将其作为命令行进行解析：

coordinates = Popen(bash_command, stdout=PIPE, shell=True)

或者最好将命令名及其参数存储为列表中的单独元素：

bash_command = ['gmt', 'grdinfo', filename, '-I-']
coordinates = Popen(bash_command, stdout=PIPE)

---

Popen接受参数列表。使用shell=True时会出现警告

如果与不受信任的输入相结合，传递shell=True可能会造成安全隐患

试试这个：

from subprocess import Popen, PIPE
bash_command = 'gmt grdinfo ' + filename + ' -I-'
print(bash_command)
coordinates = Popen(bash_command.split(), stdout=PIPE)
print(coordinates.communicate()[0])

确保gmt安装在/etc/environment文件中路径指定的位置：

PATH=$PATH:/path/to/gmt

或者，在bash_命令中指定gmt的路径：

bash_command = '/path/to/gmt grdinfo ' + filename + ' -I-'

您应该能够通过以下方式找到路径：

which gmt

正如其他人所建议的那样，实际的列表将是最好的方法，而不是字符串。此外，如果文件中有空格，则必须使用“\”转义空格，以便实际访问该文件

for filename in os.listdir(directory)[1:]:
    bash_command = ['gmt', 'grdinfo', filename.replace(" ", "\ "), '-I-']

---

Popen接受参数列表。使用shell=True时会出现警告

如果与不受信任的输入相结合，传递shell=True可能会造成安全隐患

试试这个：

from subprocess import Popen, PIPE
bash_command = 'gmt grdinfo ' + filename + ' -I-'
print(bash_command)
coordinates = Popen(bash_command.split(), stdout=PIPE)
print(coordinates.communicate()[0])

确保gmt安装在/etc/environment文件中路径指定的位置：

PATH=$PATH:/path/to/gmt

或者，在bash_命令中指定gmt的路径：

bash_command = '/path/to/gmt grdinfo ' + filename + ' -I-'

您应该能够通过以下方式找到路径：

which gmt

正如其他人所建议的那样，实际的列表将是最好的方法，而不是字符串。此外，如果文件中有空格，则必须使用“\”转义空格，以便实际访问该文件

for filename in os.listdir(directory)[1:]:
    bash_command = ['gmt', 'grdinfo', filename.replace(" ", "\ "), '-I-']

---

---

谢谢你的回答。发布问题后，我很快意识到我需要将shell=True添加到参数中，并更新了问题以处理在发布问题后遇到的实际错误。不过，我仍然强烈建议使用list参数。（我稍后会删除这个答案。）谢谢你的回答。发布问题后，我很快意识到我需要将shell=True添加到参数中，并更新了问题以处理在发布问题后遇到的实际错误。不过，我仍然强烈建议使用list参数。（我稍后会删除这个答案。）很可能这是一个路径问题；在哪个目录中找到了

gmt

？如果将单个字符串传递给

Popen

，它将在Unix和Windows上执行不同的操作，并在命令提示符下键入该字符串。您应该向命令传递一个包含第一个元素路径名的列表。在Bash提示符下，您也可能有不同于Python vs的路径。在列表的第一个元素中添加gmt的路径。您正在运行

sh

，而不是

bash

-

/bin/sh:gmt:command not found

表明

gmt

所在的目录不是

PATH

环境变量的一部分。请尝试给出

gmt

程序的完整路径名。@cdarke我给它的是gmt的完整路径。我想可能是我没有正确存储输出。下面是命令输出在shell打印坐标中的内容。这是一个stdout和stderr的元组。您需要坐标[0]。这很可能是路径问题；在哪个目录中找到了

gmt

？如果将单个字符串传递给

Popen

，它将在Unix和Windows上执行不同的操作，并在命令提示符下键入该字符串。您应该向命令传递一个包含第一个元素路径名的列表。在Bash提示符下，您也可能有不同于Python vs的路径。在列表的第一个元素中添加gmt的路径。您正在运行

sh

，而不是

bash

-

/bin/sh:gmt:command not found

表明

gmt

所在的目录不是

PATH

环境变量的一部分。请尝试给出

gmt

程序的完整路径名。@cdarke我给它的是gmt的完整路径。我想可能是我没有正确存储输出。下面是命令输出在shell打印坐标中的内容。这是一个stdout和stderr的元组。您需要坐标[0]。简单地在空白处拆分字符串不是一个好主意；假设文件名是

foobar.txt

？我同意你的看法。简单地在空白处拆分字符串不是一个好主意；假设文件名是

foobar.txt

？我必须同意你的看法。