使用python subprocess.call将fasta序列的计数写入文件

我有14000多个fasta文件，我只想保留那些包含5个序列的文件。我知道我可以使用以下bash命令获取单个fasta文件中的序列数：

grep -c "^>" filename.fasta

因此，我的方法是将每个文件中的文件名和序列计数写入一个文本文件，然后我可以使用它来隔离我想要的序列。要在这么多文件上运行grep命令，我使用subprocess.call：

import subprocess
import os


with open("five_seqs.txt", "w") as f:
    for file in os.listdir("/Users/vivaksoni1/Downloads/DA_CDS/fasta_files"):
        f.write(file),
        subprocess.call(["grep", "-c", "^>", file], stdout = f)

我的部分问题是grep命令是“^>”，但子流程要求每个参数都有自己的引号。当我基本上要作为参数输入时，如何使用“^>”：“^>”

另外，是否必须在f.write（文件）之后添加f.write（“\n”）？当前，我的输出只是一个文本文件，每个条目彼此相邻，subprocess命令只是将每个文件名打印到终端，并声明没有找到这样的文件：

---

grep:MZ23900789.fasta:没有这样的文件或目录

请尝试以下代码，它应该适用于您的示例。它将写入文件名、制表符分隔符和序列号（即

字符）。 使用

Popen

和

communicate

可以在处理输出时提供更好的灵活性。在Ubuntu上测试

import subprocess
import os

fasta_dir = "/Users/vivaksoni1/Downloads/DA_CDS/fasta_files/"

with open("five_seqs.txt", "w") as f:
    for file in os.listdir(fasta_dir):
        f.write(file + '\t')
        grep = subprocess.Popen(["grep", "-c", "^>", fasta_dir + file], stdout = subprocess.PIPE)
        out, err = grep.communicate()
        f.write(out + '\n')

---

您是否在

子流程调用（）上尝试过：
shell=True
？示例：
subprocess.call（[“grep”、“-c”、“^>”，file]，stdout=f，shell=True）
Hi，我确实尝试过，但不幸没有成功。grep命令仍然没有写入文件，我正在为每个文件向终端输出：用法：grep[-abcdefghhiijllmnooqrsusuvwxz][-A num][-B num][-C[num][-e pattern][-f file][-binary files=value][-color=when][-context[=num][-directories=action][-label][-line buffered][-null][pattern][file……]获取一个文件，任何只用于测试的文件：
grep-c'^>'fasta_文件
。。如果可行，请尝试：
子流程调用（[“grep”、“-c”、“^>”，file]，stdout=f，shell=True）
否则会出现其他问题，请在每次调用时对调用进行剖析和测试
pdb
是你的朋友--
ipdb
是你最好的朋友引用python引号中的参数
“^>”
或
“^>”
。我尝试在python引号中引用参数，但得到的终端响应与以前相同。在逐行检查代码之后，我仍然无法破译问题的根源。