Python Ubuntu上的ClustalW

在biopython食谱中，我找不到如何实际运行

clustalw

。我已经完成了食谱上的内容，但它没有运行

clustalw

只是打印

clustalw2 -infile=opuntia.fasta

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有谁能帮助我如何实际运行

clustalw

？

该部分是从BioPython文档中复制的

>>>从Bio.Align.Applications导入ClustalwCommandline
>>>cline=ClustalwCommandline（“clustalw2”，infle=“opuntia.fasta”）
>>>打印（倾斜）

clustalw2-infle=仙人掌

如果你跑

from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile="opuntia.fasta")
print(cline) 

它可以做三件事

从BioPython导入

ClustalwCommandline

模块

创建

ClustalwCommandline

对象

打印对象的字符串表示形式

如果要执行程序，需要调用创建的对象

stdout, stderr = cline()

然后将使用您提供的参数运行整个程序。在

stdout

中可以找到“正常”输出，在

stderr

中可以找到所有错误

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如果出现无法找到可执行文件的错误，您需要将

clustalw2

目录添加到您的路径中，或者指定完整路径（例如

cline=ClustalwCommandline（“c:/users/gufran/programs/clustalw.exe”，infle=“opuntia.fasta”

）。

您正在处理此部分吗？是的