从操作系统运行Python程序appart

我不确定我的标题是否正确地代表了我想要做的事情，所以我会尽我所能对我想要实现的事情给出一个清晰的解释

1-程序说明

我正在开发一个细胞病理学解释的自动化软件

我正在运行一个python程序，我在WIndows10的另一个窗口中编写了它，它可以执行多个任务。该程序检测此窗口上的一些图像，并执行单击和键盘输入

2-目标

目前，我的程序运行良好，我希望将其潜力扩展到可以在多个窗口上执行任务的程度。我本来打算使用线程来实现这一点，但这意味着（在代码的当前状态下），不同的线程必须共享键盘和不同窗口的焦点，才能执行其任务。我尝试了很多在后台执行点击和键盘输入的方法（主要是来自autoitV3的controlSend和controlCLicks），但是我的窗口没有控件，尽管controlCLicks工作正常，controlSend是不规则的。这意味着对于键盘输入，我需要窗口的焦点

我想出了3个解决方案：

1-同时聚焦多个窗口（但我认为不可能）

2-让线程彼此等待并共享焦点（但这根本没有效率）

3-有一种方法将我的程序“链接”到它所使用的窗口，并使其完全从操作系统中显示出来，这样它就可以独立于操作系统的其他部分使用键盘

最终目标是，当所有这些任务在另一个屏幕上执行时，我仍然可以使用计算机

TLDR/我的问题：你知道一种方法（除了虚拟机）吗？在这种方法中，我可以隔离我的python程序和我的窗口，以便我的python程序始终关注他正在使用的窗口，而不会影响我的其他操作系统