如何使用Biopython解析PQR文件

我想启用读取文件（使用原子电荷和半径替换占用率和B因子的修改文件）

Biopython PDB解析器无法读取Bfactor，因为它通过PDB列索引（PQR格式不支持）检索值

标准PDB原子记录示例：

ATOM      1  N   LEU     1       3.469  24.678   1.940  1.00 48.46           N

ATOM      1  N   LEU     1       3.469  24.678   1.940  0.1010 1.8240

1.00为入住率，48.46为B系数

和PQR:

ATOM      1  N   LEU     1       3.469  24.678   1.940  1.00 48.46           N

ATOM      1  N   LEU     1       3.469  24.678   1.940  0.1010 1.8240

0.1010表示电荷，1.8240表示半径

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因此，如何避免“PDBConConstructionException:无效或缺少B因子”并正确解析电荷/半径值？

由于PQR格式不再是标准PDB格式，您需要修改Biopython PDB解析器的源代码以满足您的需要。谢天谢地，Biopython是开源的，

PDB.PDBParser

非常可读/易于修改

提取数据 从您提供的：

“由于使用空格而不是特定的列宽和对齐方式，此格式可能与PDB有很大的差异。”

Biopython的PDB解析器严格要求列宽度上的值。（PDB文件的值之间没有空格是完全有效的。）我认为最好的办法是修改

PDB.PDBParser

中提取行数据的方式，但保留其大部分其他错误检查和

结构的创建。由于字段将以空格分隔，您只需使用
line.split（）
创建参数列表，然后给出有意义的名称

解析给定行中的数据后，您可能希望将其存储为Atom对象中的字段）。原子是。也许您可以修改
init_atom（）
将电荷和半径作为字段添加到
PDB.atom
对象中

从哪里开始
这是您想要修改的

概述
所以，从头到尾，我要做的是：

创建一个新的
StructureBuilder
方法
init\u pqr\u atom（）
（仿照
init\u atom（）
）创建一个新的atom对象，将
charge
和
radius
作为字段添加到新的
atom
中。（也许您想创建一个继承
PDB.Atom
的
PDB.PQRAtom
对象）
在of
PDBParser
中创建一个可选参数，告诉解析器它是PQR文件（不是标准PDB）：


传递
是将pqr
传递到
\u parse（）
，它将其传递到
\u parse\u坐标
在
\u parse\u坐标中，如果不是PQR文件，则按正常方式解析数据（即使用默认PDB列规范）。如果是PQR，则根据以空格分隔的格式解析数据（同样，Python的
str.split（）
将从字符串返回以空格分隔的项目列表）

在结构中构建适当的
Atom
或
PQRAtom
对象，传递解析后的值