Python 解析数据帧和fastafile

我只是有一个数据帧和一个fasta文件，如果seq_id在我的fasta文件中，我只需要在数据帧中保留行（或创建一个新的行）

以下是一个例子：

数据帧：

seq_1    seq_2      GC       Length
seq1     seq2       68       15561
seq4     seq3       89       567
seq9     seq90      45       789
seq97    seq43      56       458
seq45    seq9       67       900

快速文件：

>seq9 
ACTG
>seq97 
ACTG
>seq1
ACTG

并获得一个新的df，例如：

seq_1    seq_2      GC       Length
seq1     seq2       68       15561
seq9     seq90      45       789
seq97    seq43      56       458

谢谢你的帮助：）

将

fastafile

中的行读入字符串列表

fastau行

通过

seq_list=[s代表fasta_行中的s，如果s.startswith（'>'）]，从
fasta_行中筛选序列名

使用

seq_list

Filter:

dataframe=dataframe[dataframe['seq_1'].isin（seq_list）| dataframe['seq_2'].isin（seq_list）]筛选数据帧中的行。

检查是否

dataframe.shape[0]==0

以便新数据框中没有行，根据解析

fastafile的逻辑追加新行

---

这个答案需要一些代码检查，可能在您指定处理

fastafile

的逻辑之后，您已经尝试了什么，为什么它不起作用？你想让我们解决1。从“fastfile”（什么是fastafile…？）和2读取数据。如何根据读取的输入筛选数据帧？读取fasta数据时，应为…中的s设置

[s[1:]，否则由于导入了“>”-符号，将不会有任何匹配（无法编辑，因为编辑长度必须超过6个字符…）