Python 如何构建Jupyter笔记本页面以访问远程分子动力学结果?

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我想知道是否有可能,以及如何在远程(而不是在我的机器上)托管Jupyter笔记本页面,协作者可以将其加载到web浏览器中以查看结果?没有共享机器,所有文件都需要位于一个中心位置,例如,托管在Google Drive上,Jupyter笔记本页面也必须基于URL进行访问

首先,我已经使用Gromacs执行了MD模拟,并且文件当前在我的机器上是本地的。然后,我将Jupyter笔记本加载到我的机器上,导入MDAnalysis Python包,并根据Gromacs(.trr/.xtc/.pdb)生成的轨迹文件执行一些分析。我还包括一些使用NGLViewer的短模拟轨迹,以便观察模拟的各个部分

我面临的问题是,我希望我的合作者能够看到/与分析工作互动,并使用NGLViewer观察模拟

其中涉及到一些挑战:

(1) 如何/在何处远程托管Jupyter笔记本,以便我的合作者可以在浏览器窗口中查看进度?我不希望他们编辑或运行代码,只是观察和复制文本并下载图片。这是为了避免我打包(例如,作为某种降价文档)增量版本的分析并通过电子邮件发送它们

(2) 这个远程Jupyter笔记本页面中的分析代码(用Python编写并使用MDAnalysis包)需要什么来加载远程存储在Google Drive上的数据文件

(3) 与(2)类似,NGLViewer能否加载远程文件(例如存储在Google Drive上的文件),并在站点上显示轨迹以供合作者观察


虽然我的问题与诸如MDAnalysis、NGLViewer和第三方应用程序(Gromacs)的结果等python包有关,但我正在寻找一种新的方式,将多个项目的结果共享给不同国家的团队,还有我自己的团队,我目前无法亲自见到他们。

您可以创建一个Google Drive文件夹并将数据添加到其中。然后与需要访问数据的所有同事共享数据

最后,创建一个GoogleColab笔记本并在那里添加代码。您可以选择允许人们编辑和运行笔记本,或者只允许他们查看结果。如果你只授予他们阅读权限,他们必须将笔记本中的副本保存到自己的谷歌硬盘中,才能编辑笔记本

这些选项都可以在Colab的菜单栏中找到

您可以将google drive文件夹连接到Colab,如下所示:

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')

例如,您可以使用Binder或Google Colab,谢谢您的帮助。同事们给我的信息好坏参半。该平台必须(a)具有Python,(b)加载其他模块,包括mdanalysis和nglview/nglview,(c)加载外部字段,例如指向Google Drive(我有2+TB,因此通过github),并(d)不仅仅由开发人员/研究人员访问。谷歌Colab会支持这一点吗?如果我知道正确的研究/学习“名词”,我很乐意做这项工作。嗨,安东尼,我知道以下内容:(A)好的(B)你可以使用(!pip install nglview)在Colab中安装它(C)这可能是一个瓶颈,据我所知,Colab的限制约为70GB,因此你只能从谷歌硬盘加载大约70GB。Google drive也有存储限制,你必须付费才能存储+2TB(D)也很好。老实说,Colab是解决你问题的好方法,但如果你想要一个长期的专业解决方案,我建议你考虑云解决方案。亚马逊AWS,微软Azure,谷歌云。它们都将为您提供一个共享数据和笔记本的环境,比Colab要好得多。你需要打开你的预算,因为他们都是有偿的,而且不便宜。你帮了我的问题,非常感谢。