使用脚本参数在Snakemake中指定Python版本

我有一些代码，我正在合并到Snakemake管道中。我还希望能够独立于Snakemake运行代码，因此我希望编写灵活的代码。我有一个可以被Snakemake读取的配置文件，还有一个替代配置文件，如果代码在Snakemake之外运行，它将被解析

我的Snakemake文件中的规则具有以下结构：

rule some_rule:
    input:
        input_file
    output:
        output_file
    script:
        runfile.py

然后在

runfile.py

中，我测试脚本是否在Snakemake中运行，如下所示：

if 'snakemake' in globals():
    # Get config params from Snakemake
else:
    # Load config params from alternative config file 

rule some_rule:
    input:
        input_file
    output:
        output_file
    shell:
        /path/to/python runfile.py

这很好，只是我在虚拟环境中工作，我想要使用的Python版本与Snakemake默认使用的版本不同。 因此，我不得不对规则进行如下重组：

if 'snakemake' in globals():
    # Get config params from Snakemake
else:
    # Load config params from alternative config file 

rule some_rule:
    input:
        input_file
    output:
        output_file
    shell:
        /path/to/python runfile.py

但是现在因为我使用的是

shell

而不是

script

，所以我无法访问python文件中的

global

参数'snakemake'

所以我的问题是

（i） 我是否可以指定一个Python版本并仍然使用

脚本

或

---

（ii）我是否可以使用

shell

，但仍然可以访问脚本中的“snakemake”对象，这将允许我测试脚本是否正在snakemake管道中运行？

您可以使用Conda-它将提供对执行上下文的细粒度控制，并提高管道的可再现性。看

首先，您需要一个环境定义YAML文件。比如说,

envs/py37.yml

channels:
  - defaults
dependencies:
  - python=3.7

snakemake --use-conda output_file

在该文件中添加您需要的任何其他需求。那么你的规则就是

蛇形文件

rule some_rule:
    input:
        input_file
    output:
        output_file
    conda:
        envs/py37.yml
    script:
        runfile.py

最后，您现在需要在启动此作业时使用附加标志

--使用conda

，例如

壳牌公司

channels:
  - defaults
dependencies:
  - python=3.7

snakemake --use-conda output_file

---

假设我对您的任务了解得不够详细，那么让

runfile.py

独立于配置文件的来源不是更好吗？添加以文件作为输入的命令行选项，或为各个参数添加命令行选项。我认为这样可以使

runfile.py

更加独立、可移植和易于测试。