在Python3中将double for循环转换为double list?
鉴于以下结构/逻辑:在Python3中将double for循环转换为double list?,python,sql,python-3.x,list-comprehension,psycopg2,Python,Sql,Python 3.x,List Comprehension,Psycopg2,鉴于以下结构/逻辑: for i in range(len(drug_list["drug_list_ids"])): for j in range(i + 1, len(drug_list_ids["drug_list_ids"])): with pg_get_cursor(pool) as cursor: q = """ SELECT d1.name as drug_1, d2.name as drug_2,
for i in range(len(drug_list["drug_list_ids"])):
for j in range(i + 1, len(drug_list_ids["drug_list_ids"])):
with pg_get_cursor(pool) as cursor:
q = """ SELECT d1.name as drug_1, d2.name as drug_2, description
FROM interactions i, drugs d1, drugs d2
WHERE d1.id = %s
AND d2.id = %s
AND i.id1 = d1.id
AND i.id2 = d2.id; """
cursor.execute(q, (drug_list["drug_list_ids"][i], drug_list["drug_list_ids"][j]))
res = cursor.fetchall()
if res:
for d in res:
ddi_list.append(d)
我想将其转换为双列表理解,并将其传递给我的
cursor.execute(q, (drug_list["drug_list_ids"][i], drug_list["drug_list_ids"][j]))
继续逻辑。
请告诉我怎么做
我已成功创建了第一步:
[(i,j) for i in range(len(drug_list["drug_list_ids"])) for j in range(i + 1, len(drug_list["drug_list_ids"]))]
我的字典:{'drug_list':['dabigatran etexilate','dasatinib','lepirudin','atosiban','glycholic acid','drug_list_id':[2,3,1548,3579,8]
明确一点——我们的目标是制作药物ID的独特元组,并展示它们之间的相互作用。你在这里把事情复杂化了。您不需要在一个循环中运行多个查询,只需使用一个查询:
选择d1.name作为药物1,d2.name作为药物2,description
从互动i
i.id1上的内部连接d1=d1.id
i.id2上的内部连接d2=d2.id
哪里
d1.id在(…id列表,见下文…)
和d2.id=(…相同的id列表,见下文…)
d1.id
我在这里使用了internaljoin
语法,而不是FROM
子句中的多个表来将连接条件分组到一个专用位置,因此WHERE
条件更容易推理
上面将所有drug\u list[“drug\u list\u id”]
id传入(..)条件中的,然后将数据库限制为仅使用与d1.id
子句的有效组合。这将在d1.id
和d2.id
之间生成一整套可能的(有序的)组合,就像您的for循环一样,尽管具有严格的排序顺序(使用(81548)
和(83579)
,而不是(1548,8)
和(3579,8)
)
实际上是Psycopg2,并将它们扩展为的正确语法。。。在…
测试中;在这种情况下,驱动程序包括括号:
query_string = """\
SELECT d1.name as drug_1, d2.name as drug_2, description
FROM interactions i
INNER JOIN drugs d1 ON i.id1 = d1.id
INNER JOIN drugs d2 ON i.id2 = d2.id
WHERE
d1.id in %s
AND d2.id in %s
AND d1.id < d2.id
"""
with pg_get_cursor(pool) as cursor:
cursor.execute(query_string, (
tuple(drug_list["drug_list_ids"]),
tuple(drug_list["drug_list_ids"])
))
ddi_list = cursor.fetchall()
如果这是不可能的,那么将循环转换为列表理解有点棘手。这不是因为列表理解不能处理嵌套循环(只需按嵌套顺序从左到右列出它们),而是因为需要在循环体中使用多个语句来生成结果值。尽管如此,由于psycopg2的cursor.execute()
,您可以使用cursor.execute(…)或cursor
生成下一个循环的迭代器,因此您可以使用如下内容:
[v ... for ... in outer loops ... for v in (cursor.execute(...) or cursor)]
这利用了您可以直接在光标上循环以获取行的事实。无需调用cursor.fetchall()
,也无需测试特定查询是否有结果
嵌套的for
循环可以更简洁地表示为:
但是,这一点都不高效(向数据库发送单独查询的负载),也不具有可读性。不需要,如上所示
如果您必须对id配对进行更严格的控制,则必须使用嵌套元组测试;将d1.id
和d2.id
列放入一个数组中,并使用((v1,v2)、(v3,v4),…)中的测试(右侧)传递给游标。execute()
作为元组的元组:
from itertools import combinations
query_string = """\
SELECT d1.name as drug_1, d2.name as drug_2, description
FROM interactions i
INNER JOIN drugs d1 ON i.id1 = d1.id
INNER JOIN drugs d2 ON i.id2 = d2.id
WHERE
(d1.id, d2.id) IN %s
"""
# list of [id1, id2] lists
combos = tuple(combinations(drug_list["drug_list_ids"], r=2))
with pg_get_cursor(pool) as cursor:
cursor.execute(query_string, (combos,))
ddi_list = cursor.fetchall()
你把事情搞得太复杂了。您不需要在一个循环中运行多个查询,只需使用一个查询:
选择d1.name作为药物1,d2.name作为药物2,description
从互动i
i.id1上的内部连接d1=d1.id
i.id2上的内部连接d2=d2.id
哪里
d1.id在(…id列表,见下文…)
和d2.id=(…相同的id列表,见下文…)
d1.id
我在这里使用了internaljoin
语法,而不是FROM
子句中的多个表来将连接条件分组到一个专用位置,因此WHERE
条件更容易推理
上面将所有drug\u list[“drug\u list\u id”]
id传入(..)
条件中的,然后将数据库限制为仅使用与d1.id
子句的有效组合。这将在d1.id
和d2.id
之间生成一整套可能的(有序的)组合,就像您的for循环一样,尽管具有严格的排序顺序(使用(81548)
和(83579)
,而不是(1548,8)
和(3579,8)
)
实际上是Psycopg2,并将它们扩展为的正确语法。。。在…
测试中;在这种情况下,驱动程序包括括号:
query_string = """\
SELECT d1.name as drug_1, d2.name as drug_2, description
FROM interactions i
INNER JOIN drugs d1 ON i.id1 = d1.id
INNER JOIN drugs d2 ON i.id2 = d2.id
WHERE
d1.id in %s
AND d2.id in %s
AND d1.id < d2.id
"""
with pg_get_cursor(pool) as cursor:
cursor.execute(query_string, (
tuple(drug_list["drug_list_ids"]),
tuple(drug_list["drug_list_ids"])
))
ddi_list = cursor.fetchall()
如果这是不可能的,那么将循环转换为列表理解有点棘手。这不是因为列表理解不能处理嵌套循环(只需按嵌套顺序从左到右列出它们),而是因为需要在循环体中使用多个语句来生成结果值。尽管如此,由于psycopg2的cursor.execute()
,您可以使用cursor.execute(…)或cursor
生成下一个循环的迭代器,因此您可以使用如下内容:
[v ... for ... in outer loops ... for v in (cursor.execute(...) or cursor)]
这利用了您可以直接在光标上循环以获取行的事实。无需调用cursor.fetchall()
,也无需测试特定查询是否有结果
嵌套的for
循环可以更简洁地表示为:
但是,这一点都不高效(向数据库发送单独查询的负载),也不具有可读性。不需要,如上所示
如果您必须对id配对进行更严格的控制,则必须使用嵌套元组测试;将d1.id
和d2.id
列放入一个数组中,并使用((v1,v2)、(v3,v4),…)中的测试(右侧)传递给游标。execute()
作为元组的元组:
from itertools import combinations
query_string = """\
SELECT d1.name as drug_1, d2.name as drug_2, description
FROM interactions i
INNER JOIN drugs d1 ON i.id1 = d1.id
INNER JOIN drugs d2 ON i.id2 = d2.id
WHERE
(d1.id, d2.id) IN %s
"""
# list of [id1, id2] lists
combos = tuple(combinations(drug_list["drug_list_ids"], r=2))
with pg_get_cursor(pool) as cursor:
cursor.execute(query_string, (combos,))
ddi_list = cursor.fetchall()