使用python替换netCDF文件中的值

我想替换foll中的所有-999.0值。netCDF文件由0.0创建。文件如下：

以下是我的功能：

def modify_nc_value(path_inp, name_var, val_to_modify, new_value):
    """
    Replace value in netCDF vriable from val_to_modify to new_value
    Args:
        path_inp:
        name_var: Name of variable for which to modify value, if -1, then change all variables
        val_to_modify:
        new_value:

    Returns:

    """
    hndl_inp = netCDF4.Dataset(path_inp, 'r+')

    if name_var == -1:
        for var, varin in hndl_inp.variables.iteritems():
            hndl_inp[var][:][hndl_inp[var][:] == val_to_modify] = new_value
    else:
        hndl_inp[name_var][:][hndl_inp[name_var][:] == val_to_modify] = new_value

    hndl_inp.close()  # Write variable back to disk

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但是，该功能似乎不起作用。不替换任何-999.0值。如何修复此问题？

您以附加模式（

r+

）打开了文件，该模式只允许添加新值。实际上没有读/写模式，因为数据集增长很快。您有两个选择：

• 读取数据集，打开一个新文件（模式为

  w

  ，clobber为True），修改后写入，将其复制回原始数据集

• 如果数据集很大，意味着>5T左右，那么您确实希望修改代码以查找-999.0值

• 也许有办法做到这一点。我从来没有做过，但你可能会有更好的运气

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祝你好运！如果你让它工作，把它添加到这些答案中。

如果你乐意从命令行考虑这项任务，用（CDO）

来实现是很简单的。 您可以定义一个具有0的掩码，其中原始字段具有-999，然后将此掩码与原始字段相乘

cdo nec,-999.0 file.nc mask.nc
cdo mul file.nc mask.nc new_file.nc 

或者用管道连接在一起

cdo mul file.nc -nec,-999.0 file.nc new_file.nc 

但是，我假设-999.0实际上是元数据中标识的字段的“缺少值”。在这种情况下，您也可以使用

cdo setmissval,0 file.nc new_file.nc

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变量的文件内容在两个方面都是相同的，但区别在于后一个命令还将更改元数据，以将零标识为“缺少的值”。这意味着0在软件（如ncview）中被正确标识为缺失。但是，请注意，现在丢失了零的任何关联，包括原始文件中已经存在的关联

变量总是1D吗？我怀疑不是，但您的代码总是将

var

指定为1D，即

[var][：]

。变量是3D您不需要如中所述进行同步吗？我认为对于3D数组，NetCDF不允许多维索引（请参阅），但这才是您真正需要的。示例文件中唯一具有-999值的变量似乎是

c4ann

——这就是您所期望的吗？我注意到其他一些（例如，

c3ann

）有一个掩码，其中填充值为-999。也许你可以提供更多的背景，我们可以帮助你找到一种方法来得到你想要的。