biopython中的退出代码11

有人能帮我理解这个错误信息吗？它来自烧杯笔记本中的IPython单元，通过biopython在命令行中运行T-cofee

Non-zero return code 11 from 't_coffee -output clustalw -infile /Applications/Beaker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/uniprot-ornithine+transcarbamylase-2.fasta -outfile /Applications/Beaker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/aligned.aln', message 'PROGRAM: T-COFFEE Version_11.00.8cbe486 (2014-08-12 21:55:14 - Revision 8cbe486 - Build 470)'
Non-zero return code 11 from 't_coffee -output clustalw -infile /Applications/Beaker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/uniprot-ornithine+transcarbamylase-2.fasta -outfile /Applications/Beaker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/aligned.aln', message 'PROGRAM: T-COFFEE Version_11.00.8cbe486 (2014-08-12 21:55:14 - Revision 8cbe486 - Build 470)'
---------------------------------------------------------------------------
ApplicationError                          Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-5970d9b8d2e2> in <module>()
     97 tcoffee_cline = TCoffeeCommandline(infile="/Applications/Beaker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/%s"%(fName2), output="clustalw", outfile="/Applications/Beaker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/aligned.aln")
     98 #executes command line wrapper
---> 99 tcoffee_cline()
    100 #read in the alignment file
    101 alignment = AlignIO.read(open("/Applications/Beaker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/aligned.aln"), "clustal")

//anaconda/lib/python2.7/site-packages/Bio/Application/__init__.pyc in __call__(self, stdin, stdout, stderr, cwd, env)
    513         if return_code:
    514             raise ApplicationError(return_code, str(self),
--> 515                                    stdout_str, stderr_str)
    516         return stdout_str, stderr_str
    517 

ApplicationError: Non-zero return code 11 from 't_coffee -output clustalw -infile /Applications/Beaker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/uniprot-ornithine+transcarbamylase-2.fasta -outfile /Applications/Beaker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/aligned.aln', message 'PROGRAM: T-COFFEE Version_11.00.8cbe486 (2014-08-12 21:55:14 - Revision 8cbe486 - Build 470)'

t_coffee-output clustalw-infle/Applications/bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/uniprot鸟氨酸+转氨淀粉酶-2.fasta-outfile/Applications/bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/aligned.aln的非零返回代码11，消息“程序：t-coffee Version_11.00.8cbe486”（2014-08-12 21:55:14-修订版8cbe486-构建470）
来自“t_coffee-output clustalw-infle/Applications/bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/uniprot鸟氨酸+转氨淀粉酶-2.fasta-outfile/Applications/bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/aligned.aln”的非零返回代码11，消息“程序：t-coffee Version_11.00.8cbe486”（2014-08-12 21:55:14-修订版8cbe486-构建470）
---------------------------------------------------------------------------
ApplicationError回溯（上次最近的调用）
在（）
97 tcoffee_cline=TCoffeeCommandline（infle=“/Applications/bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/%s%”（fName2），output=“clustalw”，outfile=“/Applications/bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/aligned.aln”）
98#执行命令行包装器
--->99 tcoffee_cline（）
100#读取对齐文件
101 alignment=AlignIO.read（打开（“/Applications/bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/aligned.aln”），“clustal”）
//anaconda/lib/python2.7/site packages/Bio/Application/_uuuinit_uuuuuuuu.pyc in_uuuu调用（self、stdin、stdout、stderr、cwd、env）
513如果返回_代码：
514 raise ApplicationError（返回代码，str（自身），
-->标准街515号（标准街、标准街）
516返回标准街，标准街
517
ApplicationError:t_coffee-output clustalw-infle/Applications/bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/uniprot ornithine+transcarbamyase-2.fasta-outfile/Applications/bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/aligned.aln的非零返回代码11，消息“程序：t-coffee Version_11.00.8cbe486（2014-08-12 21:55:14-修订版8cbe486-构建470）

如果有帮助，欢迎回答任何问题。

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谢谢！

谢谢重新格式化。这里是新的，在帮助栏消失后无法确定如何格式化它……我在这里猜测：看起来t_coffee无法解释生成的命令，而是返回其名称（消息“PROGRAM:t-coffee Version_11.00.8cbe486（2014-08-12 21:55:14-Revision 8cbe486-Build 470））这就是“11”的来源。我还猜有一个“+”在您的in文件中可能会混淆t_coffee。当您删除该命令时，该命令起作用吗？我尝试过，现在得到一个新的错误代码：非零返回代码127，来自't_coffee-output clustalw-infle/Applications/Bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/temp.fasta-outfile/Applications/Bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/temp.al'，message'/bin/sh:t_coffee:command not found'，这表明您没有独立安装t_coffee。但是，您先前的错误消息建议您这样做。如果运行该命令会发生什么（t_coffee-输出clustalw-infle/Applications/bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/temp.fasta-outfile/Applications/bicker.app/Contents/Resources/dist/src/main/web/temp.al）直接从命令行运行？当我在终端中直接运行该行时，似乎运行正常。这是否表明这是Biopython内部的问题，而不是TCoffee？