Python 在SPARQL中查询不同变量的单独列表？

假设我有这样一个问题：

WHERE {
<http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8NAT1> up:classifiedWith ?annotation .
?protein up:classifiedWith ?annotation .
    <http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8NAT1> up:annotation ?O3OET.
    ?O3OET a up:Topological_Domain_Annotation;
         rdfs:comment ?topology;
         up:range ?Q02UJ .
    ?protein a up:Protein .
    ?protein up:annotation ?otherTop .
    ?otherTop a up:Topological_Domain_Annotation;
             rdfs:comment ?topology;
             up:range ?OTHERRANGE .
    <http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8NAT1> up:annotation ?S7IK0.
    ?S7IK0 a up:Pathway_Annotation ;
          rdfs:seeAlso ?pathway .
    ?protein a up:Protein .
    ?protein up:annotation ?VAR2 .
    ?VAR2 a up:Pathway_Annotation ;
          rdfs:seeAlso ?pathway .
<http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8NAT1> up:citation ?citation .
?protein up:citation ?citation .
}
GROUP BY ?protein

protein1 annotation1
protein1 annotation2
protein2 annotation3
protein2 annotation4
...

protein1 "annotation1 annotation2"
protein2 "annotation3 annotation4"

在这里，我试图查询每个变量的唯一实例，而不使用SPARQL通常使用的完全笛卡尔积。现在，我需要一个列表，列出每个查询变量的所有不同变量匹配项

---

也就是说，如果有10种不同的蛋白质和2种不同的注释，我如何得到这些结果？我需要单独查询吗？

有几种可能的方法

使用构造查询 当选择不同变量的负载时，您会得到笛卡尔结果，因为您将多个模式匹配表示为一个表格结构：每个稍有不同的匹配都会在结果中获得自己的“行”。构造查询不返回表格结构，而是返回与数据匹配的子图。假设您使用的库对RDF图遍历有一定的支持，那么这实际上可能比复杂的SELECT查询更容易处理，也更自然

使用组_CONCAT 您可以使用GROUP_CONCAT aggregate运算符生成一个结果，其中一个变量的多个值被连接到一个字符串中。例如，如果您以前有以下情况：

  SELECT ?protein ?annotation
   ....

你得到了这样的结果：

WHERE {
<http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8NAT1> up:classifiedWith ?annotation .
?protein up:classifiedWith ?annotation .
    <http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8NAT1> up:annotation ?O3OET.
    ?O3OET a up:Topological_Domain_Annotation;
         rdfs:comment ?topology;
         up:range ?Q02UJ .
    ?protein a up:Protein .
    ?protein up:annotation ?otherTop .
    ?otherTop a up:Topological_Domain_Annotation;
             rdfs:comment ?topology;
             up:range ?OTHERRANGE .
    <http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8NAT1> up:annotation ?S7IK0.
    ?S7IK0 a up:Pathway_Annotation ;
          rdfs:seeAlso ?pathway .
    ?protein a up:Protein .
    ?protein up:annotation ?VAR2 .
    ?VAR2 a up:Pathway_Annotation ;
          rdfs:seeAlso ?pathway .
<http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8NAT1> up:citation ?citation .
?protein up:citation ?citation .
}
GROUP BY ?protein

protein1 annotation1
protein1 annotation2
protein2 annotation3
protein2 annotation4
...

protein1 "annotation1 annotation2"
protein2 "annotation3 annotation4"

您可以改为使用此选项：

SELECT ?protein (GROUP_CONCAT(?annotation) as ?annotations)

您的结果将如下所示：

WHERE {
<http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8NAT1> up:classifiedWith ?annotation .
?protein up:classifiedWith ?annotation .
    <http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8NAT1> up:annotation ?O3OET.
    ?O3OET a up:Topological_Domain_Annotation;
         rdfs:comment ?topology;
         up:range ?Q02UJ .
    ?protein a up:Protein .
    ?protein up:annotation ?otherTop .
    ?otherTop a up:Topological_Domain_Annotation;
             rdfs:comment ?topology;
             up:range ?OTHERRANGE .
    <http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8NAT1> up:annotation ?S7IK0.
    ?S7IK0 a up:Pathway_Annotation ;
          rdfs:seeAlso ?pathway .
    ?protein a up:Protein .
    ?protein up:annotation ?VAR2 .
    ?VAR2 a up:Pathway_Annotation ;
          rdfs:seeAlso ?pathway .
<http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8NAT1> up:citation ?citation .
?protein up:citation ?citation .
}
GROUP BY ?protein

protein1 annotation1
protein1 annotation2
protein2 annotation3
protein2 annotation4
...

protein1 "annotation1 annotation2"
protein2 "annotation3 annotation4"

使用多个查询

---

另一种选择是使用多个查询：第一个查询只检索资源标识符，在您的例子中是蛋白质。然后对结果进行迭代，并对每个资源标识符执行后续查询，以获取该特定资源的其他感兴趣属性。

这是否回答了您的问题？在UniProt中，每个注释都有自己的IRI@JeenBroekstra的回答是正确的，但请随时写信给我help@uniprot.org对于生物学和uniprot数据模型，@JeenBroekstra这实际上正是我所需要的。非常感谢！谢谢除了上面提到的那些，在实现中或概念上将查询构造为查询模型有什么缺点吗？他们看到了真实世界的实现吗？我能想到的唯一真正的缺点是，作为一个开发人员，需要一些时间来习惯将查询结果看作是一个图，而不是一个表。但从实施的角度来看，它不应该有太大的区别。我确实在现实世界的应用中使用过它们。