使用用户定义函数的Python打印

我正在尝试编写一个代码，从文件中获取数据并以不同的方式编写。我大部分都有代码，但当我运行它时，所有内容都在一行上

import csv
#Step 4
def read_data(filename):
    try:
        data = open("dna.txt", "r")
    except IOError:
        print( "File not found")
    return data

#Step 5
def get_dna_stats(dna_string):
    a_letters = ""
    t_letters = ""
    if "A" in dna_string:
        a_letters.append("A")
    if "T" in dna_string:
        t_letters.append("T")
    nucleotide_content = ((len(a_letters) + len(t_letters))/len(dna_string))

#Step 6
def get_dna_complement(dna_string):
    dna_complement = ""
    for i in dna_string:
        if i == "A":
            dna_complement.append("T")
        elif i == "T":
            dna_complement.append("A")
        elif i == "G":
            dna_complement.append("C")
        elif i == "C":
            dna_complement.append("G")
        else:
            break
    return dna_complement

#Step 7
def print_dna(dna_strand):
    dna_complement = get_dna_complement(dna_strand)
    for i in dna_strand:
        for j in dna_complement:
            print( i + "=" + j)


#Step 8
def get_rna_sequence(dna_string):
    rna_complement = ""
    for i in dna_string:
        if i == "A":
            rna_complement.append("U")
        elif i == "T":
            rna_complement.append("A")
        elif i == "G":
            rna_complement.append("C")
        elif i == "C":
            rna_complement.append("G")
        else:
            break
    return rna_complement

#Step 9
def extract_exon(dna_strand, start, end):
    return (f"{dna_strand} between {start} and {end}")

#Step 10
def calculate_exon_pctg(dna_strand, exons):
    exons_length = 0
    for i in exons:
        exons_length += 1
    return exons_length/ len(dna_strand)

#Step 11
def format_data(dna_string):
    x = "dna_strand"[0:62].upper()
    y = "dna_strand"[63:90].lower()
    z = "dna_strand"[91:-1].upper()
    return x+y+z

#Step 12
def write_results(output, filename):
    try:
        with open("output.csv","w") as csvFile:
            writer = csv.writer(csvFile)
            for i in output:
                csvFile.write(i)
    except IOError:
        print("Error writing file")

#Step 13
def main():
    read_data("dna.txt")
    output = []
    output.append("The AT content is" + get_dna_stats() + "% of the DNA sequence.")
    get_dna_stats("dna_sequence")
    output.append("The DNA complement is " + get_dna_complement())
    get_dna_complement("dna_sequence")
    output.append("The RNA sequence is" + get_rna_sequence())
    get_rna_sequence("dna_sequence")
    exon1 = extract_exon("dna_sequence", 0, 62)
    exon2 = extract_exon("dna_sequence", 91, len("dna_sequence"))
    output.append(f"The exon regions are {exon1} and {exon2}")
    output.append("The DNA sequence, which exons in uppercase and introns in lowercase, is" + format_dna())
    format_data("dna_sequence")
    output.append("Exons comprise " + calculate_exon_pctg())
    calculate_exon_pctg("dna_sequence",[exon1, exon2])
    write_results(output, "results.txt")
    print("DNA processing complete")

#Step 14
if __name__ == "__main__":
    main()

当我运行它时，它应该输出一个看起来像的文件，但我的代码最后把每个字都放在顶行，就像 我觉得这与

write\u results

函数有关，但我只知道如何写入文件

---

我犯的第二个错误是在append语句中没有正确调用函数。我尝试过连接字符串，也尝试过格式化字符串，但现在我遇到了一个需要执行的路障。

当您写入文件时，每次您希望在写入的文件中的新行上有内容时，都需要将

'\n'

连接到字符串的末尾

例如：

output.append("The AT content is" + get_dna_stats() + "% of the DNA sequence." + '\n')

为了解决您的第二个问题，我将您的代码更改为：

temp = "The AT content is" + get_dna_stats() + "% of the DNA sequence." + '\n'
output.append(temp)

def write_results(output, filename):
    try:
        with open("output.csv","w") as csvFile:
            writer = csv.writer(csvFile)
            for i in output:
                csvFile.write(i)
                os.write(csvFile, os.linesep)  # Add this line! It is a system agnostic newline
    except IOError:
        print("Error writing file")

---

当您附加到列表并调用函数时，它将采用函数的文本而不是调用它。使用临时字符串保持器执行此操作将在串接字符串之前调用函数。然后，您可以将字符串附加到列表中

您从未告诉您的程序生成新行。您可以将特殊的

“\n”

字符附加或前置到每个字符串，也可以通过执行以下操作以系统无关的方式执行此操作：

导入操作系统

在文件的顶部，写入write_结果的功能如下：

temp = "The AT content is" + get_dna_stats() + "% of the DNA sequence." + '\n'
output.append(temp)

def write_results(output, filename):
    try:
        with open("output.csv","w") as csvFile:
            writer = csv.writer(csvFile)
            for i in output:
                csvFile.write(i)
                os.write(csvFile, os.linesep)  # Add this line! It is a system agnostic newline
    except IOError:
        print("Error writing file")

read\u data（）

实际上不读取任何内容（只打开文件）。它应该读取文件并返回其内容：

def read_data(filename):
    with open(filename, "r") as f:
        return f.read()

get\u dna\u stats（）

不会获取dna统计信息（不会返回任何信息，也不会计算“A”或“t”，只检查它们是否存在，

nucleotide\u内容

已计算，但从未使用或返回。它可能会计算并返回结果：

def get_dna_stats(dna_string):
    num_a = dna_string.count("A")
    num_t = dna_string.count("T")
    nucleotide_content = (num_a + num_t) /float(len(dna_string))
    return nucleotide_content

get\u-dna\u-complete（）

和

get\u-rna\u-sequence（）

：不能

将

附加到字符串中。请使用

dna_complement += "T"

…您可以附加一个

“？”

来表示转换失败，或者

增加值错误（“DNA中的无效字母：“+i”）

print_dna（）

有点有趣。我猜您希望“压缩”dna的每个字母及其补码。巧合的是，您可以使用

zip

函数来实现这一点：

def print_dna(dna_strand):
    dna_complement = get_dna_complement(dna_strand)
    for dna_letter, complement in zip(dna_strand, dna_complement):
        print(dna_letter + "=" + complement)

至于

extract\u exon（）

，我不知道这是什么，但您可能只需要从

start

到

end

的子字符串，这是通过以下方式实现的：

def extract_exon(dna_strand, start, end):
    return dna_strand[start:end]  # possibly end+1, I don't know exons

我猜在

calculate\u exon\u pctg（）

中，您希望

exons\u length+=len（I）

对外显子的长度求和。您可以通过使用内置函数

sum

来实现这一点：

exons_length = sum(exons)

在函数

format_data（）

中，松开双引号。您需要变量

main（）

不会传递任何数据。它应该将

read\u data（）

的结果传递给所有其他函数：

def main():
    data = read_data("dna.txt")                                                 
    output = []
    output.append("The AT content is " + get_dna_stats(data) + "% of the DNA sequence.")
    output.append("The DNA complement is " + get_dna_complement(data))
    output.append("The RNA sequence is" + get_rna_sequence(data))
    ...
    write_results(output, "results.txt")                                        
    print("DNA processing complete")                                            

这一阶段的关键是理解函数调用是如何工作的：它们将数据作为输入参数，并返回一些结果。您需要a）提供输入数据，b）捕获结果

write_results（）

-从您的屏幕截图来看，您似乎想要编写一个普通的旧文本文件，但您使用的是

csv.writer（）

（它写入csv，即表格数据）。要写纯文本

def write_results(output, filename):
    with open(filename, "w") as f:
        f.write("\n".join(output))  # join output lines with newline
        f.write("\n")  # extra newline at file's end

---

如果确实需要CSV文件，则需要首先定义列，并使收集的所有输出符合该列格式。

如果

open

引发

IOError

，您认为

read\u data

会返回什么<代码>数据从未在这种情况下定义。更详细地说，您的错误处理还没有完全考虑清楚。如果发生错误，则必须以一种您的程序可以继续而不产生进一步错误的方式来处理，或者如果错误很严重（例如，如果您的程序只解析输入，但没有输入），则程序应该干净地终止，理想情况下是在打印有意义的错误消息之后。要终止，您必须首先导入sys，然后执行do

sys.exit（1）

，其中1是一个任意错误代码，可以是除0之外的任何整数，0通常保留用于无错误终止（如果没有错误，请使用0）。