Python 用单独文件中的完整注释替换blast报告中的id

我有一个带有以下格式注释的文件：

  XS-5236245.2_hypothetical_protein

c16_g1_i1 len=581 path=[12725:0-580]    XS-5236245.2    94.9    59  3   0   403 579 254 312 8.6e-27 116.3

以及以制表符分隔的blast报告，第二列中仅包含登录id：

  transcript1  XS-5236245.2  94.3  35  0  245  356  789  896  1e-230 6.3

当存在匹配项时，我想用注释文件中的整行替换blast报告中的accession_id。这是我的尝试，正如您所看到的，我使用非常基本的python。如果你能给我一个更复杂的解决方案，我希望你能解释一下。谢谢你的帮助

利努

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我找到了这样的解决方案：

创建一个包含两列的新文件accessionid_headers.txt，第一列包含登录ID，第二列包含完整的标题。python很容易做到这一点：

#!usr/bin/env python
import sys

f1 = open(sys.argv[1],'r')
f2 = open(sys.argv[2],'w')

for line in f1:
    splitline = line.split('_')
    accessionid = splitline[0]
    f2.write('{0} {1}'.format(accessionid, line))

f1.close()
f2.close()

使用以下格式的爆炸报告：

  XS-5236245.2_hypothetical_protein

c16_g1_i1 len=581 path=[12725:0-580]    XS-5236245.2    94.9    59  3   0   403 579 254 312 8.6e-27 116.3

我应用了以下我修改过的awk，以适应我的文件，但由于我不是awk方面的专家，无法充分解释每个步骤。也许有人可以解释每一步都在做什么：

awk 'NR==FNR{a[$1]=$2;next}$4 in a{$4=a[$4]}1' accession_headers.txt blast.report > outfile 

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实际上，它并不适用于所有字段，它只替换了一些字段，并且所有字段都应该有一个匹配项，所以也许有人可以帮助更正awk命令。