Python错误-将多个文件中的数据写入一个索引错误

我正在尝试读取多个文件，并在比较其范围的基础上提取特定列，并尝试将它们附加到新文件的单个列中（用逗号分隔）

例如，从10个文件中删除所有第5列和第8列，并将它们附加到单个文件中，以逗号分隔。（所有文件的第4列用逗号分隔，所有文件的第7列用逗号分隔，第4列和第7列用制表符分隔）

我得到一个索引错误，表示索引超出了下一行的范围

x2 = field_split[3] + "," + x
x3 = field_split[4] + "," + x1

我不明白这里的错误。任何人都可以向我解释一下（我知道什么是索引错误，但为什么在这种情况下我会收到一个）

我把代码附在这里了

import bz2
import sys
import linecache


in_F=open(sys.argv[1], 'r')
Temp=inputFile.read().splitlines()
Out_F=open("outFile.tsv", "w+")

i=0
n=0
for files in Temp:
    if files.endswith("bz2"):
        file=bz2.BZ2File(files, 'r')
    else:
        file=open(files, 'r')

    l=0
    i=i+1
    for line in file:
        field=line.split()
        if len(field) > 9:
            l=l+1
            if (field[1] == str(n) and field[2]  == str(n+5000)):
                x = field[4]
                x1 = field[7]
                n=n+5000

            else:
                x = field[4]
                x1 = field[7]
                n = field[1] + str(5000)

            if (i == 1):
                Out_F.write(field[0]+"\t"+field[1]+"\t"+field[2]+"\t"+x+"\t"+x1+"\n")

            else:
                lines=linecache.getline("outFile.tsv", l).rstrip('\n')
                field_split = lines.split()
                x2 = field_split[3] + "," + x
                x3 = field_split[4] + "," + x1
                Out_F.write(field_split[0]+"\t"+field_split[1]+"\t"+field_split[2]+"\t"+x2+"\t"+x3+"\n")

    Out_F.seek(0,0)

in_F.close()
Out_F.close()

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我认为您的

line=linecache.getline（“outFile.tsv”，l）.rstrip（'\n'）

行试图在python将任何内容刷新到文件之前读取

outFile.tsv

。尝试在

Out\u F.write（）

缓存缓存文件后添加

Out\u F.flush（）

从linecache.getline的linechace数据计算中：

此函数永远不会引发异常-出现错误时将返回“”

我想你试着读一行不在文件中的

l

从linecache文档中：

linecache模块允许用户从任何文件中获取任何行，同时尝试使用缓存进行内部优化

linecache可能会创建文件的缓存，因此不会读取写入行的文件的当前版本

您可以在getline之前使用检查缓存，以确保缓存是最新的clearcache可用于强制读取文件的最新版本

我认为（尽管我不确定linecache的具体实现）使用linecache在这里是不必要的，因为linecache相对于本机fileIO的主要好处似乎是缓存文件。显然，如果更改文件，缓存没有任何好处

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我的建议是：将所有内容读入字典或列表，并在读取所有输入后创建输出文件（假设您的输入文件不是很大）

您假设

行

至少有5个项目以空格分隔；如果文件中的内容少于这些内容（或者是一个空行），那么您将得到一个例外。您能否大致了解一下您的输出应该是什么？一个常见的问题是，文件中有一个空行。我添加了一个输出格式的示例。谢谢。您确定您的代码生成了所需的输出吗？对我来说，它看起来像是在outfile中附加了与以前从同一文件中读取的行相同的字段[0]、[1]和[2]，从而创建了多个具有相同开始和结束的条目……谢谢Joe的建议。我尝试了flush（）方法，但在我的例子中它不起作用。