患者之间在Matlab或Python中的fMRI脑图像配准

所以，我用功能磁共振成像来记录同一个病人的大脑图像；但是，我在患者之间注册图像时遇到困难

基本上，我想将一个大脑图谱注册到一个特定于患者的扫描中，这样我就可以做一些图像修补。所以，注册，然后将扭曲和变换应用于任意数量的图像

SPM在此类注册中未成功。它不能将图谱扭曲成与患者大脑相同的大脑形状

像这样的软件对这有好处吗？？或者在matlab或python（但最好是python）中有更好的东西吗

谢谢

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tylerthemiler

在患者的自然空间中对大脑进行自由曲面分段和注释，从而产生患者特定区域，如

我不知道你所说的修补是什么意思，也不知道你希望将此转换应用到哪些其他图像，但它似乎是最适合处理单个患者数据的软件，而不是跨患者的标准化数据。

我认为它是为这种目的而设计的。一个Python包装器存在（在他的网站上分配Ubuntu的二进制文件），但这主要是C++。如果您在Linux下工作，那么如果您熟悉cmake，那么编译就非常简单

由于该工具包是一个非常低级的框架，我可以建议您尝试使用它，它是一个命令行实用程序，允许您使用多尺度Bspline密集注册对图片进行注册

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另一个有趣的工具是基于Maxwell demons并使用不同的同胚功能进行改进。

有大量用于图像配准的工具，例如在“空间变换”->“配准”下查看。Nipype确实是一个不错的Python模块，它封装了其中的许多模块（如FSL、Freesurfer等），因此您可以在某种程度上统一的界面中探索不同的可用工具

除了那些众所周知的（SPM、FSL、AFNI）之外，您还可以尝试一些不太知名但非常强大的CMTK(http://www.nitrc.org/projects/cmtk)它具有非线性注册、基于人口的模板构建、许多其他功能和SRI24 atlas。像asegment_sri24这样的脚本可以用于快速启动，使用sri24 atlas中可用的标签注册/重新选择每个主题

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要在几分钟内开始使用CMTK（或几十种其他神经成像软件），我建议您看看这个平台，它允许非常容易地部署（维护）神经科学软件。FSL、AFNI、CMTK、SRI24 atlas等可根据您的要求提供；）

沿着SPM的路线，您可以使用。它的开发正是为了解决这个问题。

您可以使用ANTs软件，也可以在3dSclicer中使用Python进行模板注册。 然而，我在SPM中进行了鬃毛模板注册，我推荐它比ITK或切片器更好地用于功能磁共振成像数据

我发现这些链接非常有用：）如果需要更多帮助，请告诉我

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在stackoverflow中提问时，试着用问题的形式表达出来。有关更多详细信息，请参阅常见问题解答。我问了什么软件适合所描述的问题……对我来说似乎是个问题。是的，我能理解你的问题。我只是建议你改变问题的形式。但我理解你的观点，尽管建议人们以提问的形式提问，但首页的大多数问题也不遵循这种形式。然而，如果你看一下投票最多的问题，你会发现它们通常都遵循这种格式。查看“正常化”步骤并反转输入。你为什么说‘它不能’？在SPM论坛上发帖也可能是一个好主意。@Ashish：这是一个好主意，正是我的直觉——事实上，不幸的是，当使用患者空间作为参考时（Atlas->patient space，而不是相反的方式），它根本不可靠。这里的任何帮助都将是惊人的！我发现bbregister（freesurfer）适合注册到freesurfer解剖空间，但我发现唯一适合注册到任何空间的空间（非刚性）是FNIRT，它被包裹。在这个问题被公开几个月后，实际回答的Cookie积分：P