Python 如何在snakemake中按照规则使用环境?
我有一个有几个规则的工作流。一个规则需要依赖于py2的工具。因此,我想为这个特定的规则指定一个特定的conda环境,但是我得到了一个错误 环境:Debian 8、Conda 4.3.25和snakemake 3.11.2 以下是我如何运行我的工作流:Python 如何在snakemake中按照规则使用环境?,python,conda,snakemake,Python,Conda,Snakemake,我有一个有几个规则的工作流。一个规则需要依赖于py2的工具。因此,我想为这个特定的规则指定一个特定的conda环境,但是我得到了一个错误 环境:Debian 8、Conda 4.3.25和snakemake 3.11.2 以下是我如何运行我的工作流: 使用conda env Create--name myworkflow--file environment.yml创建默认环境 源激活myworkflow snakemake-ps workflow.snake--使用conda 它正在尝试创建环境
如果我跑
conda create env --name python2_tool --file environment2.yaml
在激活的环境中没有错误。但前缀为-,则不起作用
所以我想知道这里出了什么问题
错误如下所示:
ERROR conda.core.link:_execute_actions(337): An error occurred while installing package 'defaults::icu-54.1-0'
OSError(95, 'Operation not supported')
Attempting to roll back.
OSError(95, 'Operation not supported')
导致问题的规则如下所示:
rule annotation:
input: "{condition}.bed"
output: "{condition}_annotated.bed"
threads: 8
conda:
"envs/environment2.yml"
shell:
"wrapper.sh -i {input} -o {output} -c {threads}"
这看起来像一只康达虫。您使用的是什么操作系统?我们使用的是Debian 8Besides,我们使用的是Conda 4.3.25和snakemake 3.11.2Hi Johannes,我们发现出现错误是因为我们的共享文件系统基于ntfs,不支持符号链接。但是,conda env create调用尝试创建符号链接。是否可以添加snakemake标志来指定前缀路径,以便在其他位置创建环境,而不是在.snakemake文件夹中创建环境?最好的,安妮卡