在python中合并数据时填补空白

我的问题是： 我从几个矩阵开始，从中提取数据，构建一个新的通用矩阵。 第一步是使用csv模块读取填充，并提取存储在第[1]行中的位置值，该位置值将用作最终矩阵中的列标题。每个内嵌包含总位置的子集，这些位置有时出现在多个内嵌中。因此，我首先通过合并所有位置值，忽略重复的位置值，从小到大构建一个有序列表。我就是这样做的：

for infile in glob.glob('passed_*.vcf'):
    infilen=open(infile)
    inf = csv.reader(infilen,delimiter='\t')
    for row in inf:
        if row[1] in pos:
            continue
        else:
            pos.append(row[1])
    infilen.close()
pos.sort(key=int)
head=str('\t'.join(pos))
of=open('trial.txt', 'a')   
print>>of,head

完成后，我返回原始填充并读取第[3]行中的另一个值，这次我想在上面创建的更正标题下添加该值，即位置。由于每个内嵌都包含总位置的一个子集，因此当存储在列表位置中的最终矩阵位置不在单个内嵌的第[1]行中时，我必须填充间隙。 下面是我正在尝试的代码：

for infile in glob.glob('passed_*.vcf'):
    infilen=open(infile)
    inf = csv.reader(infilen,delimiter='\t')
    seq=[]
    for row in inf:
        if row[1] in pos:
            seq.append(row[3])  
        else:
            seq.append('N')

不用说，我被卡住了。我想用一个while循环，但是因为我没有经验，所以我想问你一些建议

样本数据 输入示例1：

1   2025    blah    A   .   blah    PASS    AC=0    GT:DP   0/0:61
2   2027    blah    C   .   blah    blah    AC=0    GT:DP   0/0:61
3   2028    blah    T   .   blah    PASS    AC=0    GT:DP   0/0:61

输入样本n：

1   2025    blah    G   .   blah    PASS    AC=0    GT:DP   0/0:61
2   2026    blah    A   .   blah    blah    AC=0    GT:DP   0/0:61
3   3089    blah    T   .   blah    PASS    AC=0    GT:DP   0/0:61

输出单个矩阵，输入行[1]作为变量，行[3]作为值。每行都是不同的示例，即不同的输入文件：

          2025    2026    2027    2028  ...  3089
sample1    A       NaN     C       T         NaN
samplen    G        A     NaN     NaN         T

我使用pos收集值，我还使用pos2，其中包含相同的数据，这些数据的打印顺序不同，因为：

pos是以价值为导向的，有价值范围很有用 pos2是面向样本的，对于给定样本号的值很有用 为了避免范围过大，我使用了以下值：

-样本1.vcf：

1   2025    blah    A   .   blah    PASS    AC=0    GT:DP   0/0:61
2   2027    blah    C   .   blah    blah    AC=0    GT:DP   0/0:61
3   2028    blah    T   .   blah    PASS    AC=0    GT:DP   0/0:61

-样本2.vcf：

1   2025    blah    G   .   blah    PASS    AC=0    GT:DP   0/0:61
2   2026    blah    A   .   blah    blah    AC=0    GT:DP   0/0:61
3   2032    blah    T   .   blah    PASS    AC=0    GT:DP   0/0:61

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您可能想使用加载、合并、骰子和切片矩阵。谢谢，我已经知道了这一点-但是，相信我，由于我的python技能非常出色，我一直在寻找一种独立的方法来完成我的代码。请您添加至少2个vcf示例的简短示例，以及所需的输出，好吗？这会让你更容易弄明白你想做什么…谢谢Emmanuel，我以前没想过使用字典法。我将用我正在处理的大量数据来测试这个解决方案。

1   2025    blah    G   .   blah    PASS    AC=0    GT:DP   0/0:61
2   2026    blah    A   .   blah    blah    AC=0    GT:DP   0/0:61
3   2032    blah    T   .   blah    PASS    AC=0    GT:DP   0/0:61