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Python 在R中调整热图的颜色和比例_Python_R_Heatmap_Levelplot - Fatal编程技术网

Python 在R中调整热图的颜色和比例

Python 在R中调整热图的颜色和比例,python,r,heatmap,levelplot,Python,R,Heatmap,Levelplot,我正在使用lattice中的R和函数levelplot()制作热图 我使用的命令有: data<-read.table("data_corr", header=T) library(gplots) library(lattice) z<-cor(data) levelplot(z) levelplot的帮助页面中的数据: 列区域 如果区域为真,则使用颜色向量。一般的想法是,这应该是一个中等长度的颜色向量(比区域数长,默认为100)。预计该矢量的颜色将逐渐变化(以便附近的颜色相似)

我正在使用lattice中的R和函数
levelplot()
制作热图

我使用的命令有:

data<-read.table("data_corr", header=T) 
library(gplots)
library(lattice)
z<-cor(data)
levelplot(z)

levelplot的帮助页面中的
数据:

列区域

如果区域为真,则使用颜色向量。一般的想法是,这应该是一个中等长度的颜色向量(比区域数长,默认为100)。预计该矢量的颜色将逐渐变化(以便附近的颜色相似)。当实际选择颜色时,它们将被选择为沿该向量等距分布。当
col.regions
中的区域多于颜色时,颜色将被回收。实际颜色分配由
级别执行。颜色
,单独记录。

除了卡尔的答案外:

  • 您可以设置
    col.regions
    的默认值,例如:

    `trellis.par.set (regions = list (col = rainbow))
    
  • 色标范围:请参见
处的
levelplot
参数

  • 行和列名:请参见
    ?xyplot
    ,参数
  • 比例


    在python的
    matplotlib
    中,您的问题的答案是:

    (a) 使用
    imshow
    选项
    interpolation=“nearest”

    (b) 例如,可以在
    imshow
    选项
    cmap=cm.jet
    中选择彩色贴图

    (c) 为了缩放,我假设您只希望在阈值中显示值,并相应地使用颜色条贴图。使用
    imshow
    选项
    vmax
    vmin

    下面是一个简单的工作示例:

    import numpy as np
    import pylab as plt
    
    # Create random matrix, save it to a text file
    N = 90
    A = np.random.random((N,N))
    np.fill_diagonal(A,.95)
    np.savetxt("z.txt",A)
    
    # Load the data
    A = np.loadtxt("z.txt")
    
    # Apply a mask so values below .9 don't show
    A[A<.9] = None
    
    # Scale the values from .9 to 1.0 using vmin,vmax
    plt.imshow(A, interpolation='nearest', vmin=.9,vmax=1.0,cmap=plt.cm.jet)
    plt.colorbar()
    plt.show()
    
    将numpy导入为np
    导入pylab作为plt
    #创建随机矩阵,将其保存到文本文件中
    N=90
    A=np.random.random((N,N))
    np.填充对角线(A,.95)
    np.savetxt(“z.txt”,A)
    #加载数据
    A=np.loadtxt(“z.txt”)
    #应用遮罩,使下面的.9值不显示
    
    A[Afantastic.你能给我推荐一个链接或pdf文件吗?我可以从中了解更多关于python图形构造或图形的信息。@Angelo一个开始使用
    matplotlib
    的好地方是图库:查找一个示例,图片是指向生成它的代码的链接。