安装RODBC Mac OS Sierra 10.12.3

安装RODBC Mac OS Sierra 10.12.3,r,macos,rodbc,R,Macos,Rodbc,在10.12.1中重新安装,并升级到10.12.3 我完成了brew安装unixodbc 然后我尝试了R CMDINSTALL RODBC_1.3-14.tar.gz 有误: 正在检查gcc/usr/local/opt/llvm/bin/clang-fopenmp 正在检查C编译器是否工作。。。不 配置:错误:在“/private/var/folders/7f/3n9kqyy13glcwlrx7h8cb5dc0000gn/T/RtmpYQnA2y/R.INSTALL354a771740af/RO

在10.12.1中重新安装,并升级到10.12.3

我完成了
brew安装unixodbc

然后我尝试了R CMD
INSTALL RODBC_1.3-14.tar.gz
有误:

正在检查gcc/usr/local/opt/llvm/bin/clang-fopenmp
正在检查C编译器是否工作。。。不
配置:错误:在“/private/var/folders/7f/3n9kqyy13glcwlrx7h8cb5dc0000gn/T/RtmpYQnA2y/R.INSTALL354a771740af/RODBC”中:
配置:错误:C编译器无法创建可执行文件
有关详细信息,请参阅“config.log”
错误:包“RODBC”的配置失败

然后我解包RODBC并尝试
/configure
,并在日志中收到以下错误消息:

configure:2690:/usr/local/opt/llvm/bin/clang-fopenmp-v>&5
clang版本3.9.1(标签/发行版\u 391/最终版)
目标:x86_64-apple-darwin16.4.0
线程模型:posix
InstalledDir:/usr/local/opt/llvm/bin
配置:2701:$?=0
配置:2690:/usr/local/opt/llvm/bin/clang-fopenmp-V>&5
叮当声:错误:'-V'的参数丢失(应为1个值)
叮当声:错误:没有输入文件
配置:2701:$?=1.
配置:2690:/usr/local/opt/llvm/bin/clang-fopenmp-qversion>&5
叮当声:错误:未知参数:'-qversion'
叮当声:错误:没有输入文件
配置:2701:$?=1.
configure:2721:检查C编译器是否工作
配置:2743:/usr/local/opt/llvm/bin/clang-fopenmp-Wall-mtune=core2-g-O2-I/usr/local/opt/llvm/include-I.conftest.c>&5
ld:找不到-lomp的库
叮当声:错误:链接器命令失败,退出代码为1(使用-v查看调用)
配置:2747:$?=1.
配置:2785:结果:否

我也遇到了同样的问题,问题是R安装程序依赖于OSX附带的clang编译器(Sierra,10.12.4),该编译器

我也无法获得任何常规方法来指定另一个编译器以
配置
工作(例如示例),因为事实证明,RODBC的配置脚本是硬编码的,以使用您的R安装指定的编译器和lib/include路径,如前所述

通过编辑
~/.R/Makevars
指向通过macports(
sudo port install gcc6
)安装的
gcc
I版本,我可以解决此问题,例如:

CC=/opt/local/bin/gcc-mp-6 -fopenmp
CXX=/opt/local/bin/g++-mp-6
LDFLAGS=-L/opt/local/lib -L/usr/local/opt/llvm/lib
CPPFLAGS=-I/opt/local/include -I/usr/local/opt/llvm/include

然后,正常的安装过程(
R CMD INSTALL./RODBC_1.3-15.tar.gz
)按预期工作。

我发现了一个lomp未找到的错误,但我认为clang 3.9.1有openmp库。“/usr/bin/ld”-demangle-lto_library/usr/local/cillar/llvm/3.9.1/lib/libLTO.dylib-dynamic-arch x86_64-macosx_version_min 10.12.0-o a.out/var/folders/7f/3n9kqyy13glcwlrx7h8cb5dc0000gn/T/conftest-c7544c.o-lomp-lSystem/usr/local/cillar/llvm/3.9.1/bin/./lib/clang/3.9.1/lib/lomu未找到darwin-osp库