R 3.1.0安装Bioconductor组件时出现问题

更新

我在下面发布了一个工作补丁。这并不能完全解决问题，但它是一种变通方法。我仍然想让它工作，所以如果有人添加更好的解决方案，我会选择它

问题 我试图在R中设置环境变量，以便通过代理进行连接，但我所做的一切似乎都不起作用。（编辑：我已经完成了我在其他类似帖子中发现的所有建议，通常是通过设置

http\u proxy

或某种方式的变体）

这是我的

sessionInfo（）

我试过：

在.Renviron和.Rprofile中设置“http_代理”（包括所有CAP和https变体）

在终端中设置代理变量

通过Sys.setenv（http\u proxy=“SERVER:PORT”）

以上所有内容都适用于RStudio和命令行R

但是，未设置变量： 编辑：Martin Morgan指出我需要在

getenv

调用中引用。变量已设置

尽管如此，它似乎能够连接到代理，但无论我做什么，我都会得到以下变化：

> options(internet.info=0)
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : 
  cannot open the connection
In addition: Warning messages:
1: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  connected to 'SERVER' on port PORT.
2: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  -> (Proxy) GET http://bioconductor.org/biocLite.R HTTP/1.0
Host: bioconductor.org
Pragma: no-cache
User-Agent: R (3.0.3 x86_64-apple-darwin13.1.0 x86_64 darwin13.1.0)

3: In file(filename, "r", encoding = encoding) : <- HTTP/1.1 404 Not Found
4: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  <- Content-Type: text/html
5: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  <- Date: Wed, 14 May 2014 18:10:32 GMT
6: In file(filename, "r", encoding = encoding) : <- Connection: close
7: In file(filename, "r", encoding = encoding) : <- Server: mwg-ui
8: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  Code 404, content-type 'text/html'
9: In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  cannot open: HTTP status was '404 Not Found'

更新：已尝试下载

http://bioconductor.org/biocLite.R

通过命令行中的

wget

和

curl

。很好用

更新：在收到不同来源的建议后，我尝试了一些事情

在

.Renviron

文件中的值周围加上单引号，即“http_proxy='SERVER:PORT”。 这改变了一些东西，但仍然没有成功。另外，我发现url引号必须是双引号

来源（“”） 文件错误（文件名为“r”，编码=编码）： 无法打开连接 来源（“”） 警告：无法访问存储库的索引 “BioLite.R”无法安装“BioInstaller”，请使用 'install.packages（“BiocInstaller”， 回购协议=”http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc")' 警告信息： 软件包“BioInstaller”不可用（适用于R版本3.1.0）

使用空的.Renviron文件和新的终端，运行

R--vanilla

并安装。这是为了确保需要设置代理。确实如此

来源（“”） 文件错误（文件名为“r”，编码=编码）： 无法打开连接 此外：警告信息： 在文件中（文件名为“r”，编码=编码）： 无法连接到端口上的“bioconductor.org”

在

Sys.getenv

调用中使用引号：[工作正常，但无法解决问题]

Sys.getenv（“http_代理”） [1] “http://SERVER:PORT/”

---

多亏了@zhanxw的评论，我又看了一眼发生了什么，我意识到尽管代理服务器正在被访问，但R使用了错误的端口

原因如下：我在

http\u proxy

的末尾有一个额外的正斜杠，这（我假设）导致R错误地解析环境变量。 http_proxy=“http://[SERVER]：[PORT]/” 一旦我删除了后面的正斜杠，它就可以正常工作了

下面是我发布的原始“解决方案”

---

解决方案，但不是完整的解决方案：

options(download.file.method="wget")

这仍然无法解决原始问题：

来源（“”） 文件错误（文件名为“r”，编码=编码）： 无法打开连接

但它确实允许另一种方法发挥作用：

> install.packages("BiocInstaller", repos="http://bioconductor.org/packages/2.14/bioc")--2014-05-14 16:08:18--  http://bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.14.2.tar.gz
Resolving SERVER... IP, IP, IP, ...
Connecting to SERVER|IP|:PORT... connected.
Proxy request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 14053 (14K) [application/x-gzip]
Saving to: '/var/folders/p1/5gstd7bn1hb1t8pd6b7bp5n00000gp/T//RtmpFm0GR3/downloaded_packages/BiocInstaller_1.14.2.tar.gz'

100%[=============================================>] 14,053      --.-K/s   in 0s    

---

标题是什么？您有v3.1.0而不是3.03Ah…谢谢。我从3.03开始，然后在尝试解决它的同时进行了更新。无论哪种方式，结果都是一样的。引用Sys.getenv（“http_proxy”）的参数，尽管我不知道这对您的问题有什么帮助。它确实修复了

getenv

调用。非常感谢。我认为source（）与download.file.method选项无关，因此它可能无法工作，但是，download.file（）尊重它，所以您可以这样做：download.file（

）http://bioconductor.org/biocLite.R“

，“biocLite.R”）；source（“biocLite.R”）关于“source（）”的说法是正确的。不幸的是，如果我没记错的话，下载该文件仍然无法工作，因为后续的“source（）”仍然试图通过防火墙并失败。@muppetjones错误消息是什么？我现在正在使用UTSW VPN，我可以运行

source（“http://bioconductor.org/biocLite.R）

没有问题。（R-3.1.0，设置了proxy_http环境变量。）

> source("~/Downloads/biocLite.R")
Warning: unable to access index for repository http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib
'biocLite.R' failed to install 'BiocInstaller', use
  'install.packages("BiocInstaller",
  repos="http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc")'
Warning message:
package ‘BiocInstaller’ is not available (for R version 3.1.0) 
> install.packages("BiocInstaller",
+   repos="http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc")
Warning: unable to access index for repository http://www.bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib
Warning message:
package ‘BiocInstaller’ is not available (for R version 3.1.0) 

options(download.file.method="wget")

> install.packages("BiocInstaller", repos="http://bioconductor.org/packages/2.14/bioc")--2014-05-14 16:08:18--  http://bioconductor.org/packages/2.14/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.14.2.tar.gz
Resolving SERVER... IP, IP, IP, ...
Connecting to SERVER|IP|:PORT... connected.
Proxy request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 14053 (14K) [application/x-gzip]
Saving to: '/var/folders/p1/5gstd7bn1hb1t8pd6b7bp5n00000gp/T//RtmpFm0GR3/downloaded_packages/BiocInstaller_1.14.2.tar.gz'

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