使用for循环索引需要很长时间？

我正在运行这个

for循环

，没有任何问题，但它需要很长时间。我想使用apply family会更快，但不确定如何使用。有什么提示吗

set.seed(1)
nrows <- 1200
ncols <- 1000
outmat <- matrix(NA, nrows, ncols)
dat <- matrix(5, nrows, ncols)
 for (nc in 1 : ncols){
  for(nr in 1 : nrows){
    val <- dat[nr, nc]
    if(!is.na(val)){
      file <- readBin(dir2[val], numeric(), size = 4, n = 1200*1000)
      # my real data where dir2 is a list of files 
      # "dir2 <- list.files("/data/dir2", "*.dat", full.names = TRUE)"
      file <- matrix((data = file), ncol = 1000, nrow = 1200) #my real data

      outmat[nr, nc] <-  file[nr, nc]
    }

  }
}

set.seed（1）
nrows两种溶液

第一种方法会占用更多内存，但效率更高，而且我想如果您有24个文件，就像您所说的那样，这是可行的。一次读取所有文件，然后根据
dat
正确地子集。比如：

allContents<-do.call(cbind,lapply(dir2,readBin,n=nrows*ncol,size=4,"numeric")
res<-matrix(allContents[cbind(1:length(dat),c(dat+1))],nrows,ncols)

allContents两种解决方案

第一种方法会占用更多内存，但效率更高，而且我想如果您有24个文件，就像您所说的那样，这是可行的。一次读取所有文件，然后根据
dat
正确地子集。比如：

allContents<-do.call(cbind,lapply(dir2,readBin,n=nrows*ncol,size=4,"numeric")
res<-matrix(allContents[cbind(1:length(dat),c(dat+1))],nrows,ncols)

所有内容请您描述一下您的数据。不清楚为什么不将所有1200 x 1000作为单个块读取到内存中。你们有多少个这样的街区？我不使用bin文件（倾向于使用带有
read.table
或
fread
的csv文件），因此可能没有抓住要点。我不确定您是否有1200000个不同的文件，但您的循环需要很长时间，因为您实际上正在读取1200000个文件，并且磁盘访问速度非常慢。使用apply不会更快。如果您没有这么多文件，我建议您将流程还原为先读取每个文件并存储其数据，然后根据需要循环数据以进行处理。
dir2
中的几个文件有多少？请描述一下您的数据。不清楚为什么不将所有1200 x 1000作为单个块读取到内存中。你们有多少个这样的街区？我不使用bin文件（倾向于使用带有
read.table
或
fread
的csv文件），因此可能没有抓住要点。我不确定您是否有1200000个不同的文件，但您的循环需要很长时间，因为您实际上正在读取1200000个文件，并且磁盘访问速度非常慢。使用apply不会更快。如果您没有这么多文件，我建议您将流程还原为先读取每个文件并存储其数据，然后根据需要循环数据以处理它。dir2中的几个文件有多少？