RStudio&x27;致命错误';运行Motif分析时-需要故障排除建议
下面的代码导致我的系统上的RStudio桌面崩溃,我不知道为什么。大约9个月前,使用旧版本的R和RStudio,这段代码运行时没有出现问题RStudio&x27;致命错误';运行Motif分析时-需要故障排除建议,r,crash,R,Crash,下面的代码导致我的系统上的RStudio桌面崩溃,我不知道为什么。大约9个月前,使用旧版本的R和RStudio,这段代码运行时没有出现问题 library("MotIV") library("org.Dm.eg.db") library("MotifDb") # Get all fly gene entrezID from within org.Dm.eg.db entrez_fly <- keys(org.Dm.eg.
library("MotIV")
library("org.Dm.eg.db")
library("MotifDb")
# Get all fly gene entrezID from within org.Dm.eg.db
entrez_fly <- keys(org.Dm.eg.db)
# Grab FBgn from org.Dm.eg.db
FBgn_entrez <- mapIds(org.Dm.eg.db, keys=entrez_fly, column="ENSEMBL", keytype="ENTREZID", multiVals="first")
# Remove non-match entries (NAs)
FBgn_entrez <- FBgn_entrez[!is.na(FBgn_entrez)]
# Also get FBgn <-> Symbol pairs
Symbol_FBgn <- mapIds(org.Dm.eg.db, keys=FBgn_entrez, column="SYMBOL", keytype="ENSEMBL", multiVals="first")
refseq_entrez <- toTable(org.Dm.egREFSEQ[entrez_fly])
# e.g. 'Hand'
Hand_motifdb <- query(MotifDb, 'ZEB1')
# @listData extracts a list of all TFBS in motifdb for this gene
Hand_motifs <- Hand_motifdb@listData
x <- motifMatch(Hand_motifs[1], as.list (MotifDb), top=10)
在这一点上,我不知道在哪里可以找到问题。RStudio的日志文件不包含投诉/问题。它只是崩溃了
编辑:
可以使用以下行安装库:
首先,生物导体:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.11")
然后,图书馆:
BiocManager::install(c("MotIV", "org.Dm.eg.db", "MotifDb"))
编辑2:使用R(普通)测试并获得以下错误:
*** caught segfault ***
address 0x2, cause 'memory not mapped'
这些软件包在CRAN上都不可用。我们怎样才能繁衍后代呢?对我来说也是如此。我会让包维护人员知道这个问题。
*** caught segfault ***
address 0x2, cause 'memory not mapped'