使用knitr循环生成多个pdf报告。。。需要一点帮助我渡过难关吗

首先，我必须承认，我对knitr和可复制分析的概念非常陌生，但我可以看到它在改进我当前的工作流程（包括将大量副本粘贴到word文档中）方面的潜力

我经常需要按组（本例中为医院）生成多个报告，并且在每个医院内，可能有许多不同的病房需要我报告结果。以前我使用循环在R中运行所有绘图和分析，然后开始复制/粘贴工作；然而，在阅读了这篇文章（）之后，它给了我希望，我实际上可以跳过许多步骤，直接从R通过Rnw/knitr报告

但是，在尝试之后，我发现有一些问题没有完全解决（因为Rnw中的R环境似乎无法识别我试图传递给它的循环变量？？）

---

当我查看创建*.tex文件的目录时，我可以看到A医院生成的2个pdf绘图（B没有），也没有医院特定的*.tex文件编织成pdf。提前感谢您提供的任何帮助

好问题！这与你在问题中提供的其他信息一起对我有效。请注意，我已将您的

hosp

替换为

x

。我已经调用了您的

Rnw

文件

test.Rnw

# input data
Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)

# generate the tex files, one for each hospital in df
library(knitr)
lapply(unique(df$Hospital), function(x) 
       knit("C:\\emacs\\test.rnw", 
            output=paste('report_', x, '.tex', sep="")))

# generate PDFs from the tex files, one for each hospital in df
lapply(unique(df$Hospital), function(x)
       tools::texi2pdf(paste0("C:\\emacs\\", paste0('report_', x, '.tex')), 
                       clean = TRUE, quiet = TRUE))

---

结果是两个tex文件（report_A.tex、report_B.tex）、四个用于数字的pdf文件（A1、A2、B1、B2）和两个用于报告的pdf文件（report_A.pdf、report_B.pdf），每个文件中都有数字。这就是您想要的吗？

您不需要在

.Rnw

文件中重新定义数据，我认为警告来自这样一个事实：您将输出名称与

医院（医院的完整向量）而不是
hosp
（循环索引）放在一起

按照您的示例，
testingloops.Rnw
将

\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[margin=1.15 in]{geometry}
<<loaddata, echo=FALSE, message=FALSE>>=
subgroup <- df[ df$Hospital == hosp,]
@

\begin{document}
<<setup, echo=FALSE >>=
  opts_chunk$set(fig.path = paste("test", hosp , sep=""))
@

Some infomative text about hospital \Sexpr{hosp}

<<plots, echo=FALSE >>=
  for(ward in unique(subgroup$Ward)){
    subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,]
    #     subgroup2 <- subgroup2[ order(subgroup2$Month),]
    savename <- paste(hosp, ward)
    plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename))
  }
@
\end{document}

\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[margin=1.15英寸]{geometry}
=
小组在这个回答中，我打算回答一个更一般的问题：
“使用循环生成多个pdf报告”，而不是您的特定示例。这是因为这一趋势很难作为一个noob来遵循。我最终设法让它工作（html版本），所以这是我谦逊的解决方案。这里可能有一些更好的，我只是还不能完全理解

使用您的设计创建RMD文件，并将其保存在working\input中
目录（在Rstudio:file->newfile->R markdown中）。这个文件应该
在报告中包含绘制图所需的所有函数（只需在其中一个代码块中声明它们）。
将此文件视为所有未来报告的模板。别担心
关于在早些时候将数据消化后将其传递到其环境中-我将
在第（2）段中说明。要理解的关键问题是，所有计算都是
在管道的下游完成（在渲染RMD时）
文件）

创建需要在差异控制r文件中使用的循环。在我的例子中，有一个循环
迭代目录中的所有文件，并将它们转换为数据
框架然后我想把这些数据帧连同
其他数据变量，以便绘制它们。这就是它的工作方式：

绝对地在所有人身上运行！我（现在）很难让第二个lappy块在工具中循环时正常工作：texi2pdf，但我自己可以解决这个问题。刚刚有了第一个lapply knit my*.tex文件真是太棒了！非常非常感谢！！很高兴这有帮助，您是否尝试过Brian Diggs的答案中的knit2pdf
？您可以将第二个
lappy
替换为：
库（knitr）；lappy（独特的（df$Hospital），功能（x）knit2pdf（“C:\\emacs\\test.rnw”，output=paste0（'report_'，x，.tex'））
通过“替换”我的意思是“废除”第二个
lappy
，对不起。布莱恩，我的机器（出于某种原因）更喜欢knit2pdf，而不是lappy工具：：texi2pdf！太棒了@Brian Diggs，我不确定您是否仍在监视这个，但是，如果我想在每个病房的绘图之后插入描述性文本，那么在.Rnw文件的绘图代码循环中，您知道最好的方法是什么？我尝试在绘图之后插入cat（“这是关于\\Sexpr{ward}的信息文本”）。我还打开了代码块选项tidy.opts=list（comment=“”），但knit2pdf将文本放在两个绘图之后，而不是像我所希望的那样放在循环中的每个绘图之下。此外，在编译过程中，\”会导致一个转义错误（？）。我在每个绘图后添加
cat（“这是关于”，ward的信息性文本）
。只需要一点信息就可以了。但是，如果您想循环使用更复杂的报告，请查看
knit_child
和020的示例。在过去几年中，是否有任何变化会使这种方法不再有效？我做不到。我在一个figure文件夹中获得了tex文件和图像的PDF，但最终的PDF无法编译。
# input data
Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)

# generate the tex files, one for each hospital in df
library(knitr)
lapply(unique(df$Hospital), function(x) 
       knit("C:\\emacs\\test.rnw", 
            output=paste('report_', x, '.tex', sep="")))

# generate PDFs from the tex files, one for each hospital in df
lapply(unique(df$Hospital), function(x)
       tools::texi2pdf(paste0("C:\\emacs\\", paste0('report_', x, '.tex')), 
                       clean = TRUE, quiet = TRUE))

\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[margin=1.15 in]{geometry}
<<loaddata, echo=FALSE, message=FALSE>>=
  Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)
subgroup <- df[ df$Hospital == x,]
@

\begin{document}
<<setup, echo=FALSE >>=
  opts_chunk$set(fig.path = paste("test", x , sep=""))
@

Some informative text about hospital \Sexpr{x}

<<plots, echo=FALSE >>=
  for(ward in unique(subgroup$Ward)){
    subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,]
    #     subgroup2 <- subgroup2[ order(subgroup2$Month),]
    savename <- paste(x, ward)
    plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename))
  }
@
\end{document}

\documentclass[10pt]{article}
\usepackage[margin=1.15 in]{geometry}
<<loaddata, echo=FALSE, message=FALSE>>=
subgroup <- df[ df$Hospital == hosp,]
@

\begin{document}
<<setup, echo=FALSE >>=
  opts_chunk$set(fig.path = paste("test", hosp , sep=""))
@

Some infomative text about hospital \Sexpr{hosp}

<<plots, echo=FALSE >>=
  for(ward in unique(subgroup$Ward)){
    subgroup2 <- subgroup[subgroup$Ward == ward,]
    #     subgroup2 <- subgroup2[ order(subgroup2$Month),]
    savename <- paste(hosp, ward)
    plot(subgroup2$Month, subgroup2$Outcomes, type="o", main=paste("Trend plot for", savename))
  }
@
\end{document}

##  make my data
Hospital <- c(rep("A", 20), rep("B", 20))
Ward <- rep(c(rep("ICU", 10), rep("Medicine", 10)), 2)
Month <- rep(seq(1:10), 4)
Outcomes <- rnorm(40, 20, 5)
df <- data.frame(Hospital, Ward, Month, Outcomes)

## knitr loop
library("knitr")
for (hosp in unique(df$Hospital)){
  knit2pdf("testingloops.Rnw", output=paste0('report_', hosp, '.tex'))
}