使用R绘制分类数据

我有一个蛋白质名称列表（P1，P2，…，Pn），根据三种实验条件（Exp1，Exp2和Exp3）的测量，它们被分为三种不同的表达水平高（H），中（M）和低（L）。

我想画一个图，如图的底部所示，左边的蛋白质名称和沿着顶部和高、中、低类别的实验名称分别用红色、蓝色和绿色表示

我是R的新手，我非常感谢您的帮助

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提前感谢

您可以使用如下格式的数据创建文件（以制表符分隔）：

并使用以下命令抓取并绘制它们：

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mat这里有一种方法，它使用了
ggplot2
和
restrape2
包的一些魔力

首先，按照您描述的格式重新创建数据：

df <- data.frame(
    P    = paste("P", 1:4, sep=""),
    Exp1 = c("L", "H", "L", "M"),
    Exp2 = c("M", "M", "L", "H"),
    Exp3 = c("H", "L", "L", "M"))

然后，使用
melt（）
将数据从宽格式转换为高格式。id变量是“P”，我们告诉函数将“变量”重命名为“Exp”：

最后，我们准备绘制您的数据：

ggplot(mdf, aes(x=Exp, y=P, colour=value)) + 
    geom_point(size=3) + 
    scale_colour_manual(value=c("red", "green", "blue")) +
    xlab("") + 
    ylab("")

使用with（）比使用attach（）更安全：with（mat，plot（pv~exp，col=val））您使用的是公式，因此请提供参数数据，而不是with（）或attach（）。
library(reshape2)
library(ggplot2)

mdf <- melt(df, id.vars="P", variable="Exp")

mdf$value <- factor(mdf$value, levels=c("H", "M", "L"), ordered=TRUE)

ggplot(mdf, aes(x=Exp, y=P, colour=value)) + 
    geom_point(size=3) + 
    scale_colour_manual(value=c("red", "green", "blue")) +
    xlab("") + 
    ylab("")