R 将一棵ggdend树与一棵geom_散点树相结合

我有一个系统发育树：

my.tree <- ape::read.tree(text = "((rat:0.06290316531,mouse:0.06094803666):0.05175420892,human:0.09883650566);")

我想使用

ggplot2

绘制

my.dend

，并添加到树叶饼图中

下面是描述每个叶的饼图的

data.frame

：

set.seed(1)
labels.df <- data.frame(label = c("human","mouse","rat"),t(apply(matrix(runif(9,0,1),3,3),1,function(x) x/sum(x))),check.names = F) %>%
  dplyr::left_join(my.dend$labels %>% dplyr::select(x,y,label))

其中：

如果在末尾添加

+coord\u flip（）

：

ggplot(my.dend,labels=F,horiz=T)+guides(fill=F)+coord_flip()+annotate("text",size=4.5,hjust=0,x=my.dend$label$x,y=my.dend$label$y,label=my.dend$label$label)+labs(x="",y="")+theme_minimal()+
  theme(axis.text=element_blank(),axis.ticks=element_blank(),panel.grid=element_blank(),legend.position="none",legend.text=element_blank(),legend.background=element_blank(),legend.key=element_blank())+
  geom_scatterpie(aes(x=x,y=y+0.05),data=labels.df,color=NA,cols=as.character(1:3))+coord_equal()

馅饼不会变形，但树会翻转为垂直-根部朝下：

---

你知道如何让馅饼不变形，让树与左边的根保持水平吗？

看起来将更容易分别绘制系统发育图和

散馅饼，然后将它们组合起来：

数据：

my.tree%
dendextend:：hang.树状图（hang=-1）%>%
dendextend:：as.ggdend（）
种子（1）
标签。df%
dplyr:：left_join（my.dend$labels%>%dplyr:：select（x，y，label））
图书馆（GG2）
图书馆（散乱）

绘图：

my.dend <- ggplot(my.dend,labels=F,horiz=T)+guides(fill=F)+coord_flip()+annotate("text",size=4.5,hjust=0,x=my.dend$label$x,y=my.dend$label$y,label=my.dend$label$label)+labs(x="",y="")+theme_minimal()+theme_void()
my.scatterpie <- ggplot()+geom_scatterpie(aes(x=y,y=x,r=0.1),data=labels.df,color=NA,cols=as.character(1:3))+coord_equal()+labs(x="",y="",fill="Cluster")+theme_minimal()+theme_void()

gridExtra::grid.arrange(grobs=list(my.dend,my.scatterpie),ncol=2,nrow=1)

my.dend令人印象深刻。您可能应该接受自己的答案：）
ggplot(my.dend,labels=F,horiz=T)+guides(fill=F)+coord_flip()+annotate("text",size=4.5,hjust=0,x=my.dend$label$x,y=my.dend$label$y,label=my.dend$label$label)+labs(x="",y="")+theme_minimal()+
  theme(axis.text=element_blank(),axis.ticks=element_blank(),panel.grid=element_blank(),legend.position="none",legend.text=element_blank(),legend.background=element_blank(),legend.key=element_blank())+
  geom_scatterpie(aes(x=x,y=y+0.05),data=labels.df,color=NA,cols=as.character(1:3))+coord_equal()

my.tree <- ape::read.tree(text = "((rat:0.06290316531,mouse:0.06094803666):0.05175420892,human:0.09883650566);")

library(dplyr)
my.dend <- phylogram::as.dendrogram.phylo(my.tree) %>%
  dendextend::hang.dendrogram() %>%
  dendextend::hang.dendrogram(hang = -1) %>%
  dendextend::as.ggdend()

set.seed(1)
labels.df <- data.frame(label = c("human","mouse","rat"),t(apply(matrix(runif(9,0,1),3,3),1,function(x) x/sum(x))),check.names = F) %>%
  dplyr::left_join(my.dend$labels %>% dplyr::select(x,y,label))

library(ggplot2)
library(scatterpie)

my.dend <- ggplot(my.dend,labels=F,horiz=T)+guides(fill=F)+coord_flip()+annotate("text",size=4.5,hjust=0,x=my.dend$label$x,y=my.dend$label$y,label=my.dend$label$label)+labs(x="",y="")+theme_minimal()+theme_void()
my.scatterpie <- ggplot()+geom_scatterpie(aes(x=y,y=x,r=0.1),data=labels.df,color=NA,cols=as.character(1:3))+coord_equal()+labs(x="",y="",fill="Cluster")+theme_minimal()+theme_void()

gridExtra::grid.arrange(grobs=list(my.dend,my.scatterpie),ncol=2,nrow=1)