在无标记占用模型(R MuMIn)上疏浚
我正在挖掘一个无标记的入住模式,遇到了一些障碍: 1) 首先挖掘模型的检测组件后,我尝试使用之前为检测组件选择的固定预测子集挖掘模型的占用组件,如下所示:在无标记占用模型(R MuMIn)上疏浚,r,mumin,unmarked-package,R,Mumin,Unmarked Package,我正在挖掘一个无标记的入住模式,遇到了一些障碍: 1) 首先挖掘模型的检测组件后,我尝试使用之前为检测组件选择的固定预测子集挖掘模型的占用组件,如下所示: global_occ <-occu( ~ Freq + I(Freq^2) + n +mean_tree_d9 + mean_tree_kurt ~ C1 + C2 + C3 + C4 + S1 + S2 + S3 + S4 + Hour + I(Hour^2) + Deg_class + Freq_fire + age + Fre
global_occ <-occu( ~ Freq + I(Freq^2) + n +mean_tree_d9 + mean_tree_kurt ~ C1 + C2 + C3 + C4 + S1 + S2 + S3 + S4 + Hour + I(Hour^2) + Deg_class + Freq_fire + age + Freq + mean_tree_d9 + mean_tree_d4 + mean_tree_d2 + mean_shrub_stdev + mean_tree_kurt + mean_tree_mad, umf_all)
system.time(dredge_occ<-pdredge(global_occ, rank=AIC, m.max=5, cluster=clust, fixed=`p(Freq)`&`p(I(Freq^2))`&`p(n)`&`p(mean_tree_d9)`&`p(mean_tree_kurt)`))
> dredge_occ
Global model call: occu(formula = ~Freq + I(Freq^2) + n + mean_tree_d9 + mean_tree_kurt ~
C1 + C2 + C3 + C4 + S1 + S2 + S3 + S4 + Hour + I(Hour^2) +
Deg_class + Freq_fire + age + Freq + mean_tree_d9 + mean_tree_d4 +
mean_tree_d2 + mean_shrub_stdev + mean_tree_kurt + mean_tree_mad, data = umf_all)
---
Model selection table
p(Int) psi(Int) p(Frq) p(I(Frq^2)) p(men_tre_d9) p(men_tre_krt) p(n) df logLik AIC delta weight
31 -8.68 -1.93 -8.518 -2.439 -0.2369 -0.2295 0.07039 7 -9664.791 19343.6 0 1
Models ranked by AIC(x)
global\u occ疏浚
说:固定
是“单面公式
或给出术语名称的字符向量”。在您的例子中,它是一个表达式(适合用作子集
参数)。因此,您的代码应该是:
pdredge(全局,秩=AIC,m.max=5,簇=clust,固定=c(“p(Freq)”,“p(I(Freq^2)),“p(n)”,“p(mean_tree_d9)”,“p(mean_tree_kurt)”)
一个后续问题:如果我想要更复杂的子集规则,我的理解是我必须使用“子集”而不是“固定”;但是,我不清楚以下几点:比方说,我希望所有模型中都有“p(Freq)”,但是,当“psi(C1)”和“psi(S2)”出现时,我希望它们一起出现。我如何将这两个公式结合起来?我知道以下是不正确的,因为我不想将C1和S1固定到psi组件,但我只想确保它们出现时一起出现。非常感谢你。pdredge(global_occ,cluster=clust,subset=p(Freq)
&psi(C1)
&psi(S1)
)subset
的工作原理就像术语名称是逻辑值一样(长度为1,因此&
和&
给出相同的结果),如果存在模型术语,则等于TRUE
。有关R中逻辑运算符的参考信息,请参见?Logic
。谢谢,Kamil。最后一个问题:您知道为什么调用跟踪>1似乎不适用于pdredge吗?它抛出了一个错误。我希望能够使用进度条监控流程。trace
无法与pdredge
一起正常工作,但在我的情况下它不会给出错误。解决这个问题在我的待办事项清单上,但并不是一个优先事项。