R 多对整数向量相交

我有一个整数向量列表：

这部分速度非常快，可以使用

然后我运行此函数以获得所需的输出：

res.df尝试将l表示为1/0矩阵：

max.val = max(sapply(l, max))
mat = do.call(rbind, lapply(l, function(x) {z = rep(0, max.val); z[x] = 1; z}))

现在，您可以轻松地预先计算成对交点和并集：

pair_intsct = mat %*% t(mat)

pair_union = outer(rowSums(mat), rowSums(mat), '+') - pair_intsct

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我的示例数据中哪一部分不小或不可复制？@dan你的示例很好。只是有人没有正确阅读：-对于您的特定问题，一个选项是combnPrim，如@akrun所示，combn部分不是瓶颈。计算并集上的交集和每对之间的超几何p值是一个问题。我编辑我的问题是为了弄清楚为什么超几何分布的m，n和k参数是lengthl[[idx.mat[I，1]]，lengthl[[idx.mat[I，1]]]+lengthl[[idx.mat[I，2]]和lengthl[[idx.mat[I，2]]，你能解释一下吗？

max.val = max(sapply(l, max))
mat = do.call(rbind, lapply(l, function(x) {z = rep(0, max.val); z[x] = 1; z}))

pair_intsct = mat %*% t(mat)

pair_union = outer(rowSums(mat), rowSums(mat), '+') - pair_intsct