R中并行计算的stdout和stderr

我正在使用包

并行

进行计算。以下是一个玩具示例：

library(parallel)
m = matrix(c(1,1,1,1,0.2,0.2,0.2,0.2), nrow=2)
myFun = function(x) {
  if (any(x<0.5)) {
    write("less than 0.5", stderr())
    return(NA)
  } else {
    write("good", stdout())
    return(mean(x))
  }
}
cl = makeCluster(2, outfile="/tmp/output")
parApply(cl, m, 2, myFun)
stopCluster(cl)

---

有没有办法分别为stdout和stderr设置两个单独的文件？以及如何忽略“starting worker pid=…”的前两行？

并行包不直接支持将stdout和stderr发送到单独的文件，但您可以自己完成：

cl = makeCluster(2)

setup = function(outfile, errfile) {
  assign("outcon", file(outfile, open="a"), pos=.GlobalEnv)
  assign("errcon", file(errfile, open="a"), pos=.GlobalEnv)
  sink(outcon)
  sink(errcon, type="message")
}

shutdown = function() {
  sink(NULL)
  sink(NULL, type="message")
  close(outcon)
  close(errcon)
  rm(outcon, errcon, pos=.GlobalEnv)
}

clusterCall(cl, setup, "/tmp/output", "/tmp/errmsg")
parApply(cl, m, 2, myFun)
clusterCall(cl, shutdown)

由于在调用

setup

之前发出“starting worker”消息，因此这些消息被重定向到“/dev/null”，这是未指定

outfile

时的默认行为

cl = makeCluster(2)

setup = function(outfile, errfile) {
  assign("outcon", file(outfile, open="a"), pos=.GlobalEnv)
  assign("errcon", file(errfile, open="a"), pos=.GlobalEnv)
  sink(outcon)
  sink(errcon, type="message")
}

shutdown = function() {
  sink(NULL)
  sink(NULL, type="message")
  close(outcon)
  close(errcon)
  rm(outcon, errcon, pos=.GlobalEnv)
}

clusterCall(cl, setup, "/tmp/output", "/tmp/errmsg")
parApply(cl, m, 2, myFun)
clusterCall(cl, shutdown)