在弦图中旋转标签（R圆圈）

下面是创建和弦图的

Circrize

软件包中的一些代码。现在标签与圆的边缘平行。是否可以将标签旋转90度，使其与圆垂直

library(circlize)
set.seed(999)
mat = matrix(sample(18, 18), 3, 6)
rownames(mat) = paste0("Start", 1:3)
colnames(mat) = paste0("End", 1:6)
chordDiagrm(mat)

在下图中，我手动插入了一些标签，以显示我希望实现的功能（End5、End6、End7）。谢谢

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根据您的示例数据，这里有一种方法：

grid.col <- setNames(rainbow(length(unlist(dimnames(mat)))), union(rownames(mat), colnames(mat)))
par(mar = c(0, 0, 0, 0), mfrow = c(1, 2))

# original image
chordDiagram(mat, grid.col = grid.col) 

# now, the image with rotated labels
chordDiagram(mat, annotationTrack = "grid", preAllocateTracks = 1, grid.col = grid.col)
circos.trackPlotRegion(track.index = 1, panel.fun = function(x, y) {
  xlim = get.cell.meta.data("xlim")
  ylim = get.cell.meta.data("ylim")
  sector.name = get.cell.meta.data("sector.index")
  circos.text(mean(xlim), ylim[1] + .1, sector.name, facing = "clockwise", niceFacing = TRUE, adj = c(0, 0.5))
  circos.axis(h = "top", labels.cex = 0.5, major.tick.percentage = 0.2, sector.index = sector.name, track.index = 2)
}, bg.border = NA)

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grid.col这太棒了。我的示例以邻接矩阵的形式显示数据。如果我的数据是以邻接列表的形式出现的，我会重新处理
grid.col
变量吗？我只是使用
grid.col
来确定颜色的选择。Tbh，从未使用过该软件包，但从vignette中获取了代码。@Brian，您使用的是版本>=0.3.0的软件包吗？如果是，则
chordDiagram（）
的输入变量现在可以是邻接列表，并且
grid.col
可以设置为与输入为矩阵时相同。在本例中，chordDiagram拼写错误-以防有人试图运行此代码