R phangorn Rscript R CMD批处理不同的结果

尝试使用

phangorn

包运行

R

脚本时，我收到一个奇怪的错误。每当我使用以下命令运行脚本时：

Rscript mini_示例.R

它失败，并显示错误消息：

Error in as.vector(data) : 
no method for coercing this S4 class to a vector
Calls: pml ... as.matrix -> as.matrix.default -> array -> as.vector

这可能意味着名称空间出现了一些问题。但是，当运行

R CMD BATCH mini_example.R OUT.txt时，一切运行平稳，没有错误

代码mini_示例.R：

library(phangorn)
sessionInfo()
data(Laurasiatherian)
dm <- dist.ml(Laurasiatherian)
tree <- NJ(dm)
fitJC <- pml(tree, Laurasiatherian)  
fitJC <- optim.pml(fitJC)
print('==>>Success <<==') 

用于Rscript

R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.9.5 (Mavericks)

locale:
[1] C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  base     

other attached packages:
[1] phangorn_1.99.14 ape_3.3         

loaded via a namespace (and not attached):
[1] Matrix_1.2-2    nnls_1.4        parallel_3.2.1  igraph_0.7.1   
[5] nlme_3.1-120    grid_3.2.1      methods_3.2.1   lattice_0.20-31
[9] quadprog_1.5-5 

如果除了导入
phangorn
之外，还导入了
library（methods）
，则可以使用
Rscript
。这将
方法的sessionInfo（）从“通过名称空间加载（且未附加）”更改为“附加的基本包”，这是
Rscript
的sessionInfo（）与
R CMD批处理的唯一区别

我不知道为什么两者会有不同。但是，请注意（Rscript的一种替代方法）“
littler
的作者也遇到过您的问题。”
您的解决方案有效。引用自
？Rscript
：Rscript省略了方法，因为它需要大约60%的启动时间。。。这就是我不知道的原因。
R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.9.5 (Mavericks)

locale:
[1] C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  base     

other attached packages:
[1] phangorn_1.99.14 ape_3.3         

loaded via a namespace (and not attached):
[1] Matrix_1.2-2    nnls_1.4        parallel_3.2.1  igraph_0.7.1   
[5] nlme_3.1-120    grid_3.2.1      methods_3.2.1   lattice_0.20-31
[9] quadprog_1.5-5