mvbutils R-package的foodweb绘图中的控制绘图布局

我想想象一下我自己的R包中的函数是如何相互依赖的。为此，我使用了

mvbutils

包中的

foodweb（）

函数

我可以毫无问题地获得正确的函数依赖项，但是绘图看起来有点混乱，线条相互交叉，函数名称没有垂直或水平对齐

是否有一种控制绘图布局的方法，类似于在

igraph

软件包中的工作方式

例子

---

dirPath由于有许多数据、连接等，因此为了适应屏幕，绘图被压缩，因此变得混乱

我的建议是将其保存在PDF或PNG格式中，并具有足够大的宽度和高度，然后可以放大。这将节省你很多时间。
例如

此外，您还可以使用
foodweb
的绘图选项

希望有帮助。
迈克尔

一个选择是从foodweb的窗帘后面看。
mvbutils:：foodweb
函数返回（S3）类
foodweb
的对象。这包括三个部分：


funmat由0和1组成的矩阵，显示（行）调用（列）的内容。DIMNAME是函数名
x以par（“usr”）单位显示显示器中每个功能名称中心的x轴位置
级别以par（“usr”）单位显示显示屏中每个功能名称中心的y轴位置

因此，我们可以采取的一种方法是调用
foodweb
，但告诉它不要创建绘图，而是返回
foodweb
对象。然后，我们可以通过
mvbutils:：foodweb（）
函数提供的默认值，或通过
graphics:：plot（）
操作数据目录

为什么？好吧，按照你的建议，我觉得有三种选择：


您可以使用
mvbutils:：foodweb（）
参数
使用随另一个绘图包返回的数据结构
使用
graphics:：par（）
和
graphics:：plot
操作返回的
foodweb
结构的打印大小和属性

很高兴知道你的喜好。除此之外，我的意思是提供一个基本示例：

绘图包示例
在使用
graphics:：plot
的情况下，您需要了解如何操作
graphics:par
par（）
允许您设置或查询图形参数。例如，如果要清理函数图，您可以选择修改
fin
参数，以增加地物区域尺寸（宽度、高度），单位为英寸。这是一个简单的例子，但我觉得它有助于规划和演示您可以使用的选项

## Generate plot
if (!require(qtlcharts)) install.packages("qtlcharts")

## Here we specify `asNamespace` to get the package internals
fw <- foodweb( where = asNamespace( "qtlcharts"),
               plotting = FALSE,
               )
#Display foodweb structure
str(fw)

# Expand plot figure region dimensions...
par(fin = c(9.9,7))
# Plot fw strucuture
plot(fw, 
     border = TRUE, 
     expand.xbox = 1,
     boxcolor = "pink", lwd = 1.5, cex = 0.8)


希望以上信息能为你指明正确的方向。
T

## Generate plot 
pdf( "mygraph.pdf", width = 50, height = 80 )
par(mar = rep(0.1, 4))
foodweb(border = TRUE, boxcolor = "pink", lwd = 1.5, cex = 0.8)
dev.off()

## Generate plot
if (!require(qtlcharts)) install.packages("qtlcharts")

## Here we specify `asNamespace` to get the package internals
fw <- foodweb( where = asNamespace( "qtlcharts"),
               plotting = FALSE,
               )
#Display foodweb structure
str(fw)

# Expand plot figure region dimensions...
par(fin = c(9.9,7))
# Plot fw strucuture
plot(fw, 
     border = TRUE, 
     expand.xbox = 1,
     boxcolor = "pink", lwd = 1.5, cex = 0.8)

if (!require(qtlcharts)) install.packages("qtlcharts")
fw <- foodweb( where = asNamespace( "qtlcharts"),
               plotting = FALSE)

str(fw)
par(fin = c(9.9,7))
plot(fw, 
     border = TRUE, 
     expand.xbox = 1,
     boxcolor = "pink", lwd = 1.5, cex = 0.8)

fw <- foodweb( where = asNamespace( "qtlcharts"),
               rprune = "convert_", ## search on `convert_` to negate use `~convert_`
               plotting = FALSE)
str(fw)
par(fin = c(9.9,7))
plot(fw, 
     border = TRUE, 
     expand.xbox = 1,
     boxcolor = "pink", lwd = 1.5, cex = 0.8)