R：使用数据帧信息为散点图上的点着色

我已经使用

绘图（data$pco$li[，1]，data$pco$li[，2]）生成了我的数据散点图

。结果是PCA散射输出。我现在想根据它的类别给散乱图上的每个点上色（每个点都是一个基因，我想根据它所属的染色体给它上色）

我已经准备好了一个文件，第一列有基因，第二列有染色体，并使用以下方法将其加载到R中：

geneLoc <- read.table(file = "~/Location/File.txt", header = FALSE, sep = "\t")
colnames(geneLoc) <- c("Gene", "Chromosome")

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因此，我不能简单地将第三类列添加到两列数据框中，并使用它为我的散点着色。

您需要将数据转换为以下格式：

Var1      Var2      Value
gene1     gene2     33.76389
gene1     gene3     51.12729

然后可以轻松地附加第四列。包Reformate2有一个名为melt的函数，可以实现这一点。首先，让我们生成一个与上述示例类似的矩阵：

mydata <- matrix(data=rnorm(81, 25, 10), ncol=9, nrow=9)
colnames(mydata) <- paste0("gene", 1:9)
rownames(mydata) <- paste0("gene", 2:10)
mydata[upper.tri(mydata, diag=T)] <- NA

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mydata您能提供更多详细信息吗？什么是数据帧数据。什么是geneLoc。获得帮助的最好方法是提供一些示例数据以及您的问题，以便用户可以进行实验。你能举个假例子吗？看看这个例子的答案。嗨，我确实在我的帖子中提到了这个答案，我的数据结构才是问题所在。幸运的是，ajrwhite关于使用Reforme2的melt函数的建议帮了我的忙。谢谢，这个软件包正是我想要的！
mydata <- matrix(data=rnorm(81, 25, 10), ncol=9, nrow=9)
colnames(mydata) <- paste0("gene", 1:9)
rownames(mydata) <- paste0("gene", 2:10)
mydata[upper.tri(mydata, diag=T)] <- NA

library(reshape2)
meltdata <- melt(mydata)