如何在R studio中打开fasta文件而不出错？

您好，我正在尝试在R studio中打开一个fasta文件。 我正在使用FASTA格式的人类MTHFR基因。我打开它的代码是

library("Biostrings")
myseq <- readDNAStringSet("MTHFR_sequence.fasta",format = "fasta")

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如何解决此问题以打开fasta文件？

可能是个愚蠢的问题，但路径正确吗？（即，与R相同的目录，用

getwd（）

表示）。

file.exists（“MTHFR\u sequence.fasta”）是否为真？如果是，您能在R之外打开文件吗？（这是一个文件权限问题吗？）一点也不愚蠢。我想我可能对路径有问题。当我输入file.exist代码时，它返回false。好的，这就是您需要修复的。这里有两种策略：（1）将R指向文件的绝对或相对路径，例如
readDNAStringSet（“../../path/to/MTHFR_sequence.fasta”，…）
；或者（2）首先将R更改为该目录，
setwd（“../../path/to”）；readDNAStringSet（“MTHFR\u sequence.fasta”，…）
。我真的更喜欢将R移动到项目的目录中，假设所有需要的数据文件都在项目目录结构中；对于一次性文件，我倾向于处理完整路径。
Error in .Call2("new_input_filexp", filepath, PACKAGE = "XVector") : cannot open file 'MTHFR_sequence.fasta'