将ImageJ ROI转换为SPATR STAT数据不需要'；行不通

我尝试使用David C Sterratt提供的

RImageJROI

包将多个

ROI

转换为R，并将其转换为

Spatstat

这是我的R代码的一个最小示例

library(RImageJROI)
ROI = read.ijzip("path/ROI.zip")
spat.ROI = ij2spatstat(ROI)

读取zip文件效果很好，但当我运行转换命令时，会出现以下错误：

conv.fun（k，window=window，unitname=unitname，scale）中出错= 比例：未找到对象“out”

附件中有一个用于创建

ROI.zip

-文件的文件，该文件在

ImageJ

中处理后会导致错误：

    run("Analyze Particles...", "add");
roiManager("Save", "Path\\Roi.zip");

是否有办法让

RImageJROI

正常工作，我是否遗漏了一些明显的东西，或者有人知道我的项目的另一个解决方案吗？

您可以使用特殊的方法将不同的ImageJ ROI和图像数据传输到R

一些特别为spatstat设计的方法，在上的一个很棒的spatstat教程之后

下面是一些ImageJ spatstat注释和简单脚本的链接：

以下是一些传输ROI数据的视频教程：

三维点模式：

线段：

多边形：

点模式：

颗粒测量：

地理参考多边形（可转换为spatstat对象）：

您可以使用特殊的方法将不同的ImageJ ROI和图像数据传输到R

一些特别为spatstat设计的方法，在上的一个很棒的spatstat教程之后

下面是一些ImageJ spatstat注释和简单脚本的链接：

以下是一些传输ROI数据的视频教程：

三维点模式：

线段：

多边形：

点模式：

颗粒测量：

地理参考多边形（可转换为spatstat对象）：

---

我收到了相同的错误消息。我在查看了

ij2spatstat

函数后发现它可以工作

library(RImageJROI)
library(spatstat)

roi <- read.ijroi("RoiSet/0071-0081.roi") # path to single ROI
poly <- list(x = roi$coords[,2], y = roi$coords[,1])
out <- owin(poly = poly)

plot(out)

library（RImageJROI）
图书馆（spatstat）
roi我收到了相同的错误消息。我在查看了
ij2spatstat
函数后发现这是可行的

library(RImageJROI)
library(spatstat)

roi <- read.ijroi("RoiSet/0071-0081.roi") # path to single ROI
poly <- list(x = roi$coords[,2], y = roi$coords[,1])
out <- owin(poly = poly)

plot(out)

library（RImageJROI）
图书馆（spatstat）
投资回报率（roi）
摘要（roi）
，
绘图（roi）
等在您阅读zip文件后是否起作用？您有什么类型的区域（即
sapply（roi，函数（x）x$strType）
）？您是否可以在不需要ImageJ的情况下复制您的示例？可能只是zip文件的链接？您是否尝试过使用斐济提供的？似乎有。此脚本语言可以与一起使用。另一个尝试选项是，它提供了一些ImageJ/R集成功能。
摘要（ROI）
，
绘图（ROI）
等。读入zip文件后工作？您有什么类型的区域（即
sapply的输出（ROI、函数（x）x$strType）
）？您是否可以在不需要ImageJ的情况下复制您的示例？可能只是一个到zip文件的链接？您是否尝试使用斐济提供的？似乎有。此脚本语言可以与一起使用。另一个尝试选项是，它提供了一些ImageJ/R集成功能。更新：我收到了错误消息对于某些ROI，“多边形区域为负-可能以错误的方向遍历？”这可以通过切换坐标中的列索引来解决…仍在寻找解决方法更新：我收到错误消息“多边形区域为负-可能以错误的方向遍历？”？“对于某些ROI，这可以通过在坐标中切换列索引来解决……仍然在寻找解决方法