R 在每两个列表元素中绘制交点

给定一个包含16个元素的列表，其中每个元素都是一个命名的数字向量，我想绘制每2个元素之间名称相交的长度。就是,；元素1与元素2的交点，元素3与元素4的交点，等等

虽然我可以用一种非常乏味、低吞吐量的方式来做这件事，但我必须重复这种分析，所以我想用一种更编程的方式来做

例如，前2个列表元素的前5个条目为：

topGenes[[1]][1:5]

3398   284353   219293     7450    54658 
2.856363 2.654106 2.653845 2.635599 2.626518 

topGenes[[2]][1:5]
1300    64581     2566     5026   146433 
2.932803 2.807381 2.790484 2.739735 2.705030 

这里，第一行数字是基因id&我想知道每对载体（一个治疗复制）有多少个共同点，比如说，前100个

我已尝试以以下方式使用lappy（）：

vectorOfIntersectLengths <- lapply(topGenes, function(x) lapply(topGenes, function(y) length(intersect(names(x)[1:100],names(y)[1:100]))))

---

vectorofIntersectLength这就是您要找的吗

# make some fake data
set.seed(123)
some_list <- lapply(1:16, function(x) {
  y <- rexp(100)
  names(y) <- sample.int(1000,100)
  y
})

# identify all possible pairs
pairs <- t( combn(length(some_list), 2) )
# note: you could also use:  pairs <- expand.grid(1:length(some_list),1:length(some_list))
# but in addition to a-to-b, you'd get b-to-a, a-to-a, and b-to-b

# get the intersection of names of a pair of elements with given indices kept for bookkeeping
get_intersection <- function(a,b) {
  list(a = a, b = b, 
       intersection = intersect( names(some_list[[a]]), names(some_list[[b]]) ) 
  )
}

# get intersection for each pair
intersections <- mapply(get_intersection, a = pairs[,1], b = pairs[,2], SIMPLIFY=FALSE)

# print the intersections
for(indx in 1:length(intersections)){
  writeLines(paste('Intersection of', intersections[[indx]]$a, 'and',
                   intersections[[indx]]$b, 'contains:', 
                   paste( sort(intersections[[indx]]$intersection), collapse=', ') ) )
}

#制作一些虚假数据
种子集（123）
一些列表可能会看到expand.grid，但我不太确定你在问什么。请提供
dput（topGenes）
或具有代表性的示例子集，好的。以下是前2个列表元素的前10个条目：抱歉，在回复时过早地点击“回车”。我编辑这篇文章是为了（希望）清晰。啊，你想要名称的交叉点——让我编辑解决方案来反映这一点。几乎！我可以看到结果向量中的相交长度，以及自相交。确实如此。输出看起来有点滑稽，但我要查找的相交元素的名称肯定在其中。当我运行代码时，输出crossions如下所示：List of 256$：List of 3..$a:int 1..$b:int 1..$crossion:chr[1:100]“3398”“284353”219293“7450”…$：3个列表$a:int 2..$b:int 1..$交叉点：chr[1:3]“121260”“3934”“29890“最后一行显示topGenes前两个列表元素名称的交叉点，我猜长度为100的第一个交叉点是第一个元素本身。不过还是管用的！：-）@我用打印例程更新了控制台的答案。通过将
con=
参数更改为
writeLines
，可以轻松地将其打印到文件a。这是一个不完整的表，所以XML或JSON可能是表示它的好方法，但是如果您只是手动使用它，您可以将输出复制或通过管道传输到任何适合您的地方。
# make some fake data
set.seed(123)
some_list <- lapply(1:16, function(x) {
  y <- rexp(100)
  names(y) <- sample.int(1000,100)
  y
})

# identify all possible pairs
pairs <- t( combn(length(some_list), 2) )
# note: you could also use:  pairs <- expand.grid(1:length(some_list),1:length(some_list))
# but in addition to a-to-b, you'd get b-to-a, a-to-a, and b-to-b

# get the intersection of names of a pair of elements with given indices kept for bookkeeping
get_intersection <- function(a,b) {
  list(a = a, b = b, 
       intersection = intersect( names(some_list[[a]]), names(some_list[[b]]) ) 
  )
}

# get intersection for each pair
intersections <- mapply(get_intersection, a = pairs[,1], b = pairs[,2], SIMPLIFY=FALSE)

# print the intersections
for(indx in 1:length(intersections)){
  writeLines(paste('Intersection of', intersections[[indx]]$a, 'and',
                   intersections[[indx]]$b, 'contains:', 
                   paste( sort(intersections[[indx]]$intersection), collapse=', ') ) )
}